回答編集履歴
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otnさんとのやり取りによる追加情報
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こんな説明でご理解いただけるでしょうか。
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コメント欄でotnさんとのやりとりにより、中の仕組みが少し見えました。
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最近のデスクトップマネージャーはpolkitという権限管理の仕組みを利用して電源オプションの管理、実行をおこなっているようです。
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[polkitよる設定の解説がここに載っています。](http://lost-in-forest.hatenablog.com/entry/a00b)
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org.freedesktop.consolekit.system.stopやorg.freedesktop.consolekit.system.restartというIDで管理されていて、デフォルトではログインユーザーには電源操作を許可しています。
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なお、非ログイン時の電源操作はまた別の仕組みにより制御されているようです。
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コメントで誤りの指摘を受けて訂正
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デスクトップ環境を構成するウィンドウマネージャーはroot権限で動いていて、デスクトップ環境を動かしているユーザーのリクエスト（つまりシャットダウンのボタンを押す等）に応じてシャットダウンなり再起動なりをかけることができます。rootだから。
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デスクトップ環境を構成する~~ウィンドウマネージャー~~ディスプレイマネージャーはroot権限で動いていて、デスクトップ環境を動かしているユーザーのリクエスト（つまりシャットダウンのボタンを押す等）に応じてシャットダウンなり再起動なりをかけることができます。rootだから。
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もうちょいかみ砕いていえば、GUIで再起動やシャットダウンを選択するのは、rootさんに再起動やシャットダウンをお願いしていると考えても良いかと思います。
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