回答編集履歴
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愚直な方法ですが、リストの全要素
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愚直な方法ですが、リストの全要素についてループさせて、リストの要素をキーとし、その要素の位置のリストを値とするマップを作って、位置のリストの長さが 1 より大きいものを一覧すればよいでしょう。
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サンプルとして
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サンプルとして以下のコードは、大文字小文字問わず`A`から`E`までのアルファベットのいずれかによって構成される、長さ3の文字列をランダムに1000個生成して`ArrayList` に入れ、これに対して上記のロジックで重複した要素の全てのインデクスを表示するものです。
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(※ランダムな文字列を作るために、[Apache Commons Lang](https://mvnrepository.com/artifact/org.apache.commons/commons-lang3/3.0) の[RandomStringUtils](https://commons.apache.org/proper/commons-lang/apidocs/org/apache/commons/lang3/RandomStringUtils.html) を使っています。）
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