回答編集履歴

  それはさておき、SSLRequireSSL をドキュメントルートにかけているのであれば、Let'sEncrypt用のコンテンツディレクトリを、ドキュメントルート外に置けば良いのではないでしょうか。

 

  別に全てのコンテンツをドキュメントルート以下に設置しなければならないという決まりも(Apache的には)ないですし。Aliasを必要に応じて設定すれば。