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  フォルダの中身がシンボリックリンクか何かで同じものを指しているとそうなりそうな気がしますね。

  例えばWindowsのシステムフォルダではシンボリックリンクか何かが多用されています。

  シンボリックリンクの他、ジャンクションとハードリンクというものもありまして、とりあえずこちらが参考になりそうです。