回答編集履歴
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Apache等の再起動が抜けていたので追記
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@@ -49,3 +49,7 @@
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`php.ini` ファイルの場所は、ターミナルで `php --ini` を実行すればわかると思います。
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最後に Apache や Nginx をリスタートすれば Xdebug が有効になりました。
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PECLでのインストール手順例を追記
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ご参考: https://getgrav.org/blog/macos-sierra-apache-mysql-vhost-apc
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（追記）
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実際に試したところインストールできました。
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PHP 5.6 の場合は、Xdebug 2.5.x をインストールする必要があるようです。
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当方は、phpenv ではなく Homebrew でインストールした PHP 5.6 ですが、以下のような手順でした。
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$ pecl install xdebug-2.5.5
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You should add "zend_extension=/usr/local/Cellar/php@5.6/5.6.35_1/pecl/20131226/xdebug.so" to php.ini
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上のように、`php.ini` ファイルに設定を追加してください、と最後に表示されますので従います。
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`php.ini` ファイルに以下を追加（`xdebug.so` のパスは読み替えてください）
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[xdebug]
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zend_extension=/usr/local/Cellar/php@5.6/5.6.35_1/pecl/20131226/xdebug.so
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`php.ini` ファイルの場所は、ターミナルで `php --ini` を実行すればわかると思います。
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