回答編集履歴
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追記
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@@ -29,4 +29,8 @@
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.../jre1.8.0_162/bin/java (B)
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のどちらを用いるかの違いはご存知と思います。(A),(B)それぞれ用いられるランタイム群が異なっており、(A)はデバッグ情報が付加されたjarが用いられるのでライブラリーの内側までステップ実行ができるようになってます。
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一方(B)ではデバッグ情報がstripされたjarが用いられてます。JDK/JREを両方インストールしているような環境でInstalled JREにJREを指定しても、自分でライブラリーのソースをアタッチすると、標準ライブラリーの内側にステップインはできるようになりますが、その中でステップ実行はできません。行番号情報などが取り去られているので不可能なわけです。
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一方(B)ではデバッグ情報がstripされたjarが用いられてます。JDK/JREを両方インストールしているような環境でInstalled JREにJREを指定しても、自分でライブラリーのソースをアタッチすると、標準ライブラリーの内側にステップインはできるようになりますが、その中でステップ実行はできません。行番号情報などが取り去られているので不可能なわけです。
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追記：
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A-pZさんにご指摘いただいたように、プロジェクトで用いているツールやアプリケーションそのものがJDKを前提としている場合もありその場合はJDKルートを指定する必要があり、JDKの下のjreではうまくいかないということがあると思います。その点は上のコメントではかけてませんでした。
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間違いを訂正
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@@ -20,7 +20,7 @@
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.../jdk1.8.0_162
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ではなく
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.../jdk1.8.0_162/jre
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を指定しても動いてくれますが、それは個人的にEclipseが気を利かせてくれているからにすぎないと思います。
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を指定しても動いてくれますが、~~それは個人的にEclipseが気を利かせてくれているからにすぎないと思います~~。(追記：失礼しました。.../jdk1.8.0_162/jre/bin/javaがちゃんとありますね!)
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蛇足ですが
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誤記訂正
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@@ -1,10 +1,10 @@
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> JDK？JDK直下のJRE？
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どちらでも同じみたいに思えます
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どちらでも同じみたいに思えます。昔から(?)開発目的でJDKを指定する際にはJDKのホームを指定しなさいとダイアログに言われてたので素直にJDKを指定してました。
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今までやったことなかったので実際にJDK配下のjreディレクトリーを指定してみたところ、ライブラリーのソースが自動的にアタッチされているので、「指定されたパスはJDKの中のjreみたいだなぁ、じゃぁソースも自動的にアタッチしてあげよう」という配慮をEclipseがしてくれているだけではないでしょうか？
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厳密にどのような違いがあるかは自分にはわかりません
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厳密にどのような違いがあるかは自分にはわかりませんでした。
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ちなみにJDKのルートを指定しても、JDKの下のjreを指定しても実行に用いられるライブラリー群は同一のものと思います。JDKディレクトリーの下のあちこちに違ったjarがあるわけではありませんから。
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