回答編集履歴
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質問内容の修正に伴って回答の追記
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で、何らかの文字コードからUFT8に変換する方法ですが、
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「Java UTF8 変換」でぐぐるといろいろ解説が出てきますので、みてみてください。
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-- 追記 --
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元文字コードがShift-JISということでしたので、「Java SJIS UTF8」でぐぐってみました
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その中で参考になりそうなところは、
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https://dev.classmethod.jp/server-side/java/csv_read_java_char_trans/
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まさにSJISのファイルをUTF8にして読み込んでますね
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んで、気をつけないといけないところは、Java の標準の文字コードはUTF16だ、ということです
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まず、ファイルの読み込みをShiftJISとして読み込む（ということはプログラム内部でUTF16で保存される）
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そして、データベースに保存するときには、（UTF16から）UTF8に変換しなければいけない、ということですね
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