回答編集履歴
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追記2
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Bから接続したいのであれば、この辺を参考にBのIPアドレスを追加してください。
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[https://qiita.com/n0bisuke/items/bd86dd3a79cd7cbcd92e](https://qiita.com/n0bisuke/items/bd86dd3a79cd7cbcd92e)
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# 追記２
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こんな記事を見つけました。AのMySQL Server側で、bind-addressが127.0.0.1になっていませんか？
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[http://xyk.hatenablog.com/entry/2013/11/08/142548](http://xyk.hatenablog.com/entry/2013/11/08/142548)
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追記
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@@ -5,3 +5,25 @@
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`Access denied for user 'user'@'localhost'(using password:YES)`というエラーメッセージを見る限り、`localhost`に向けて接続しようとしています。Bから`localhost`への接続をする場合、接続先はAではありません。Bで起動しているMySQL Serverに向けて接続しようとします。Aから`localhost`への接続をする場合、接続先はAとなります。`localhost`という名前のホストは「自分自身」を指しますので、Aでlocalhostで繋がったからBでもlocalhostで接続できないのはおかしい！というのは全くの誤りです。
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BからAへ接続するには対象のIPアドレスが必要です。同一LAN内であればAのローカルIPが、ネットワークごしであればAのグローバルIPが必要です。さらに、ネットワーク越しの場合、ルータにポートマッピング設定が必要です。
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# 追記
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もしかしてuserというユーザを作るときにHost設定にlocalhostだけを設定していませんか？
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「select user, host from mysql.user where user='user'」というクエリを実行して、userに許可されたHostがlocalhostだけになっていないか確認してください。
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こんな感じだったら駄目です。これだとAのMySQL Serverに接続できるのはAのlocalhostというホストでの接続のみで、外部からの接続が不可能になっています。
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|user|host|
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Bから接続したいのであれば、この辺を参考にBのIPアドレスを追加してください。
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[https://qiita.com/n0bisuke/items/bd86dd3a79cd7cbcd92e](https://qiita.com/n0bisuke/items/bd86dd3a79cd7cbcd92e)
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