回答編集履歴
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AUTO_INCREMENTについて説明追加
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@@ -1,6 +1,11 @@
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勝手にIDが増えていくのはIDフィールドに[AUTO_INCREMENT属性](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/example-auto-increment.html)
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が付与されているからと思われます。
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AUTO_INCREMENT属性がついているIDの場合、テーブル自体に次に振られるべきIDが記録されており、insertされる度に1増えていき、レコードが削除されても減ることはありません。
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なのでたとえば、
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3件追加→3件削除→1件追加 とした場合、テーブルに残るのはID４のレコードになります。
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よくある解決方法としては、
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0. IDに欠番が発生することを気にしない
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下手にIDを再利用すると色々面倒なこと（例えば、このIDを他のテーブルでのデータ連結に使用している場合）が起こる可能性が増えるので、IDに欠番が発生しても気にしないという方法はよくあります。（個人的には特に理由がない限りは一番お勧めです）
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締めを追記
answer
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@@ -7,4 +7,7 @@
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0. 論理削除する。
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例えば、is_deleteフィールドを設けて、削除したことにしたいレコードについてis_deleteフィールドに1を入れてupdateする。といった方法です。これは今回考えられている方法に近いと思います。これもよくある実装かと思います。
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0. 自力でIDを採番する
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insertするタイミングで空いているIDを自力で探して、IDを指定してinsertします。1番目のお勧め理由によって個人的には嫌いな方法です。
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deleteは現状のまま行い、insertするタイミングで空いているIDを自力で探して、IDを指定してinsertします。1番目のお勧め理由によって個人的には嫌いな方法です。
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0. deleteしたタイミングでIDを詰める。途中のIDを削除した場合に、それより後ろのIDをすべて-1してupdateします。普通はやらないです。
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あたりかなと思います。
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