回答編集履歴
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文章の校正
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どこに出力するべきか？
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色々調べましたが、PHPの公式サイト、PHPRightWay、Qiitaなどと調べましたが○○に出力すべきというベストプラクティス的な情報は得られませんでした。
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というわけで、Linux自身のディレクトリ構成の規格に沿うことにします。
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一般的には「/var/logs」の配下に新しいプロジェクト名のディレクトリを切って、そこで運用するのが自然でしょう。
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運用ルール的な説明をしておくと、
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FHSはLinuxディストリビューションの開発者に対してかなりの強制力を持ちますが、
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利用者レベルではそこまで厳格に受け止める必要はなさそうです。
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現にApacheはFHS2.3では宣言されていない/var直下にwwwというディレクトリを作ってそこに静的ファイルを格納して動作する仕組みになっています。
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現にApacheはFHSの現行3.0や2.3では宣言されていない/var直下にwwwというディレクトリを作ってそこに静的ファイルを格納して動作する仕組みになっています。
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（FHSに厳密に従うのであれば、/opt配下にディレクトリを作成するのが自然だったか
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（FHSに厳密に従うのであれば、/opt配下にディレクトリを作成するのが自然でしょう。ただしApacheが出来た当時はFHSのバージョンも古くて、例えば/opt等のディレクトリが宣言されてなかったとか？この辺はよく分かってませんが…）
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実際にログを吐き出す際、
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例えばアクセスが激しいサーバの場合ログが大量になることが想定されるので、
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外付けHDDをマウントして、`/mnt/hoge/huga/logs`等のパスに対してログを出力するような運用が考えられます。
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ただし、FHSを知っているエンジニアは真っ先に/var/logsの配下を覗くと思いますので、
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そこにログファイルを吐き出さない場合は予め周知しておく必要があるでしょう。
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一般的には「/var/logs」の配下に新しいプロジェクト名のディレクトリを切って、そこで運用するのが自然でしょう。
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