回答編集履歴
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質問内容を勘違いしていた恐れがあるので追記
answer
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以下のページが参考になるでしょう。
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[SSH経由でMySQLを接続する方法(SSHポートフォワード) | 9ensanのLifeHack](http://9ensan.com/blog/?p=1798)
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[SSH経由でMySQLを接続する方法(SSHポートフォワード) | 9ensanのLifeHack](http://9ensan.com/blog/?p=1798)
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**【追記】**
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もしかしたら私は質問内容を勘違いしているかもしれません。
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EC2上にインストールしたMySQLの話ではなく、RDSで立ち上げたMySQLの話であるなら、以下のヘルプページが参考になると思います。具体的にはRDS接続用の公開鍵ファイルが必要だということです。
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[MySQL データベースエンジンを実行している DB インスタンスに接続する - Amazon Relational Database Service](http://docs.aws.amazon.com/AmazonRDS/latest/UserGuide/USER_ConnectToInstance.html)
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