回答編集履歴
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見た目の訂正
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こちらの文章はMySQLの運用の観点について書かれていると思いますが、
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少し調べてみたところ、MYSQLのALTER TABLEにはテーブルの再編成（テーブルを作りなおして断片化を防ぐ）効果があるようです。
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少し調べてみたところ、MYSQLの`ALTER TABLE`にはテーブルの再編成（__テーブルを作りなおして断片化を防ぐ__）効果があるようです。
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おそらくですが、この件について書かれているのではないでしょうか。
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http://mysql.stu.edu.tw/doc/refman/5.1-olh/ja/innodb-file-defragmenting.html
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[http://mysql.stu.edu.tw/doc/refman/5.1-olh/ja/innodb-file-defragmenting.html](http://mysql.stu.edu.tw/doc/refman/5.1-olh/ja/innodb-file-defragmenting.html)
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