回答編集履歴
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onCreateが再度呼ばれる件について、追記
test
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** Fragmentは使ってなくても構いません。FragmentActivityを継承してください。**
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アクティビティのライフサイクルは、しっかり把握していますか?
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* [アクティビティ: アクティビティのライフサイクルを管理する](https://developer.android.com/guide/components/activities.html?hl=ja#Lifecycle)
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アクティビティがバックグラウンドに移行した以上、いつ破棄されても文句は言えない。(通知はする。)それがAndroidの仕様です。
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Nexus5X(Android7)でも、権限確認中に他のアプリを起動したり、長時間放置すれば起きる可能性はあると思います。(もしかすると、画面の向きを変えても起きるかもしれません)
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対処としては、破棄を禁止するのではなく、その下の「[アクティビティの状態を保存する](https://developer.android.com/guide/components/activities.html?hl=ja#SavingActivityState)」に書かれているとおり、Activity#onSaveInstanceStateメソッドで権限確認中かどうかを保存しておき、Activity#onCreateメソッドで引数に渡されたステートを見て処理を振り分けるようにするのが、まっとうな対処だと思います。
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アクティビティのライフサイクルについては非常に厄介なので、他にも検索していろんなサイトの情報を見て調べてください。
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