回答編集履歴
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test
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いずれにしても、今回の場合、ご提示のサイトの方が必要としていたのはIR画像座標系とRGB画像座標系を繋ぐ変換行列のようですので、プログラマーが一貫した世界座標を定めて外部パラメータを求めておけば、その世界座標系がどのようなものであっても、rgb_M_world×(ir_M_world)^-1の過程で打ち消し合うでしょうから問題は生じないのではないでしょうか。
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[こちらのサンプルコード](http://opencv.jp/sample/camera_calibration.html)ですと、チェスボードの角を原点にして、ミリメートル単位になるような座標系を定めているようです。「GML C++ Camera Calibration Toolbox」もちょっとUIを見た感じでは似ているようですし、この座標系が標準なんでしょうかね?
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