回答編集履歴
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追記
test
CHANGED
@@ -1,6 +1,4 @@
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`zip`コマンドは圧縮対象のパスの情報をそのままzipファイルに取り込みますので、以下のようにzipファイルを作成してみてはどうでしょうか。
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2
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@@ -9,3 +7,9 @@
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exec('cd /var/www/file; zip -r hogehoge.zip hogehoge');
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```
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##### 追記
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`hogehoge.zip`の部分は、提示されていたフルパスの状態(`/var/www/file/hogehoge.zip`)でも問題ありません。
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