回答編集履歴
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ZIP形式のデータ圧縮は「余分な改行などをなくしている」訳ではなく、対象データ(ここではclassファイル)に登場する"繰り返しパターン"など利用してデータサイズを圧縮します。このデータを圧縮する処理自体を「エンコード(encode)」と呼びます。
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詳細は可逆圧縮(lossless compression)と呼ばれるアルゴリズムを調べてみてください。
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