回答編集履歴
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コメントを受けてのさらに追記。
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.○○はSQLiteコマンドとしてexec()で実行する？
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# 追記２
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PHPにおいて[exec](https://secure.php.net/manual/ja/function.exec.php)は「コマンドを実行する」もので今回のようにSQLiteコマンドを実行する場合は、「コメントを受けての追記」の参考記事にあるように実行するコマンドファイル（exeファイル）も指定しなければなりません。
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また、SQLiteもSQL文も1つ1つ実行していかなければなりません。
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[PHPによるSQLite](http://so-zou.jp/web-app/tech/programming/php/database/sqlite.htm)を参考に書いたサンプルコードにコメントをつけて提示しますので自身の環境にあわせて改修してみてください。
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※未検証なのであくまでサンプルとして参考程度にとどめておいてください
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```PHP
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#sqlite3.exeによりSQLiteコマンドを実行。hogehoge.dbは実際に利用しているDBファイル名になると思います
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#sqlite3.exeもそのまま使えるか分からないのでパス調整してみてください
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//モード設定
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echo exec( 'sqlite3.exe hogehoge.db .mode csv' );
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//出力設定ファイル設定
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echo exec( 'sqlite3.exe hogehoge.db .output csvファイルパス' );
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//DBオープン
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$db = sqlite_open(/**/);
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//SQLを実行
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$sql_result = $db->query("select * from テーブル名;");
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※もしかしたらDBオープンしてからexec()を実行した方がいいかもしれませんが組んでから調整してください
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参考URLなど
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下記記事は参考になりますでしょうか。
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[PHPによるSQLite
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](http://so-zou.jp/web-app/tech/programming/php/database/sqlite.htm)
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.○○はSQLiteコマンドとしてexec()で実行する？
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