回答編集履歴
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Vagrant上でMySQLサーバーが動いていることもふまえて回答を編集しました
answer
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Vagrant上で動いているのでしたら、仮想マシン側で外部からの接続のためにIPアドレスやポートを開けているかなどが関係してくると思います。
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以下とか参考にされてみてください。
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[（俺得）MySQLに、クライアントでリモート接続する時の設定](http://qiita.com/rojiuratech/items/770c1c54a889bf060751)
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もしくは、「Vagrant MySQL 接続」とかでググってみるといいかもしれません。
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ターミナルで `mysql -u root` で接続はできるのでしょうか？
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もしそれでも同様の結果であればrootユーザーの権限が設定されていないか、rootユーザーのパスワードが間違っているか、かと思うので、`--skip-grant-tables` オプションをつけてMySQLを起動し、再設定を試みてはどうでしょうか。
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