回答編集履歴
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にあるように、VALUES句は`VALUES (～), (～), (～), (～)`という風に書けることがわかります。
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あと、INSERT INTO文実行数はたいした数じゃないのに遅い、
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遅くてPHPの実行が打ち切られてしまう、
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ということであれば、こんな情報も役に立つかもしれません：
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[Mysqlでinsert、delete、updateが遅い場合の対策 - Qiita](http://qiita.com/daikiti1988/items/5311749b04a66547f22d)
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みたいな。
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VALUES句要素を配列に格納しておいて最後に`implode()`で連結してしまうとか。
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[MySQL :: MySQL 5.6 リファレンスマニュアル :: 13.2.5 INSERT 構文](https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/ja/insert.html)
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にあるように、VALUES句は`VALUES (～), (～), (～), (～)`という風に書けることがわかります。
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メモリ不足で打ち切っているのか、
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確認した上で対策を講じましょう。
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それと、処理CでINSERT INTO文を実行していますが、
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1行ごとに実行していると時間が掛かるでしょうね。
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VALUES句を複数一度に書いてしまうのはダメなんでしょうか。
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`INSERT INTO ～ VALUES (～), (～), (～), (～)`
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みたいな。
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VALUES句要素を配列に格納しておいて最後に`implode()`で連結してしまうとか。
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webサーバーのエラーログやアクセスログをまず確認してほしい。
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思い込みで場当たり的な行動をしても解決しにくいので、現象を正確に捉えるようにしましょう。
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エラーログへの情報が少なければ、設定ファイルを直してログ出力レベルを変更しましょう。
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