回答編集履歴
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実際に真っさらな、さくらのレンタルサーバーにCakePHP3をインストールしてみて気づいたこと
test
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【2017/03/03 追記】
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原因が気になったので、さくらレンタルサーバースタンダードプランを新たに借りて、参考サイトの手順通りにインストールしてみました。結果、インストールがうまくできたので、やったことを画面キャプチャ付きでブログにまとめました。
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[＞＞さくらのレンタルサーバにCakePHP3をインストール](http://juku90.com/post-2689/)
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参考にしてみてください。
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インストールしてみて、もしかしたらここ間違ってるかもと思った点は、
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（１）intlモジュールをインストールする際のオプション「–with-php-config=/usr/local/php/5.6/bin/php-config」部分のPHPバージョンの数字が違ってる
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（２）.cshrc の設定「alias php php -c /home/USERNAME/www/php.ini」がうまくいっていない。（またはシェル設定終了後に再起動していない or bashを使っている）
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あたりです。
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（２）に関してはシェルで「php -i | grep intl」と打って「intl」関連のものが表示されていれば問題ないです。
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それと、参考サイトの手順で一つだけ飛ばしたものがあります。「6.モジュールのコピー」部分の「$ ln -s /usr/local/php/default/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20131226/* .」というシンボリックリンク作成コマンドです。これの必要性がいまいちわからなかったので飛ばしました。
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インストールうまくいくといいですね。
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