回答編集履歴
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[https://github.com/opencv/opencv/blob/2.4/modules/java/generator/src/java/android+StaticHelper.java](https://github.com/opencv/opencv/blob/2.4/modules/java/generator/src/java/android+StaticHelper.java#L34)
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ただし、同ファイルが存在しない場合でも`opencv_java.so`ファイルはロードされます。つまり該当エラーメッセージ自身は、処理継続不可能なエラー発生という訳ではありません。
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[https://github.com/opencv/opencv/blob/2.4/modules/java/generator/src/java/android+StaticHelper.java](https://github.com/opencv/opencv/blob/2.4/modules/java/generator/src/java/android+StaticHelper.java#L94-L95)
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（これ以上は状況不明なため、問題解決までの回答は不可能です）
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