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  このテーブルにカラムを追加してよいのであれば、URLのハッシュ値を生成して、ハッシュ値でGROUP BYしてみるのはどうでしょうか。

 

  別テーブルを作ってよいのであれば、URLをユニークにした一覧テーブルを作成し、そのテーブルのIDをこのテーブルに持たせ、そのIDでGROUP BYすれば衝突もないでしょう。