質問編集履歴
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全てのソースコードを貼りました．冗長でみにくいかもしれませんがよろしくお願いします．CSVファイルはどのように貼ったら良いのでしょうか？
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CHANGED
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@@ -15,6 +15,115 @@
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ソースコード
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python```ここに言語を入力
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コード
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+
import numpy as np
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+
import matplotlib.pyplot as plt
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20
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+
from sympy import *
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21
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+
import csv
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+
from scipy.integrate import odeint
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23
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+
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24
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+
import pandas as pd
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25
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+
pd.set_option('display.max_rows', None)
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26
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+
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27
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+
import pandas as pd
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28
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+
pd.read_csv('Cy3 spectrum.csv')
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29
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+
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30
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+
df = pd.read_csv('Cy3 spectrum.csv')
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31
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+
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32
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+
#df.iloc[0,:] 1行目すべてのデータを取り出す
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33
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+
df.iloc[:,1] #２列目すべてのデータを取り出す
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34
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+
λ = []
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35
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+
listB = []
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36
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+
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37
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+
λ = df['Wavelength']
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38
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+
listB = df['Emission']
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39
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+
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40
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+
leng = len(λ)
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41
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+
max = 0
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42
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+
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43
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+
for n in range(leng):
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44
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+
if listB[n]>max:
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45
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+
max = listB[n]
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46
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+
num = n
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47
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+
print(max)
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48
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+
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+
import pandas as pd
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50
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+
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51
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+
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52
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+
f = lambda x: (x/max)
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53
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+
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54
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+
df['Emission'].apply(f)
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55
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+
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56
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+
f_D = []
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57
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+
f_D = df['Emission'].apply(f)
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+
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+
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+
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+
print(f_D) #規格化吸収スペクトルを入手 最大強度を１
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+
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+
plt.plot(λ,f_D)
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64
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+
plt.show()
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+
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66
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+
import pandas as pd
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67
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+
pd.read_csv('Cy5 spectrum.csv')
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+
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69
|
+
df = pd.read_csv('Cy5 spectrum.csv')
|
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70
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+
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71
|
+
#df.iloc[0,:] 1行目すべてのデータを取り出す
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72
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+
df.iloc[:,1] #２列目すべてのデータを取り出す
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73
|
+
λ = []
|
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74
|
+
listB = []
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75
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+
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76
|
+
λ = df['Wavelength']
|
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77
|
+
listB = df['Excitation']
|
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78
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+
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79
|
+
leng = len(λ)
|
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80
|
+
max = 0
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81
|
+
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82
|
+
for n in range(leng):
|
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83
|
+
if listB[n]>max:
|
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84
|
+
max = listB[n]
|
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85
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+
num = n
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86
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+
print(max)
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87
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+
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88
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+
import pandas as pd
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89
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+
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90
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+
f = lambda x: (250000*x/max)#ε=εA/max
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91
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+
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92
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+
df['Emission'].apply(f)
|
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93
|
+
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94
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+
ε = []
|
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95
|
+
ε = df['Emission'].apply(f)
|
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96
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+
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97
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+
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98
|
+
print(ε) #規格化蛍光スペクトルを入手
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99
|
+
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100
|
+
plt.plot(λ,ε)
|
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101
|
+
plt.show()
|
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102
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+
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103
|
+
print(df)
|
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104
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+
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105
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+
#データフレームにε列を追加
|
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106
|
+
df['Abs spe'] = ε
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107
|
+
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108
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+
#データフレームにf_D列を追加
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109
|
+
df['Flu spe'] = f_D
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110
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+
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111
|
+
import numpy as np
|
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112
|
+
import scipy
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113
|
+
from scipy import integrate
|
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114
|
+
import matplotlib.pyplot as plt
|
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115
|
+
import pandas as pd
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116
|
+
J_elem = []
|
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117
|
+
J_elem = (f_D)*(ε)*(λ**4)
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118
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+
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119
|
+
df['J_elem'] = J_elem
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120
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+
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121
|
+
|
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122
|
+
J = sum(J_elem)/sum(f_D)
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123
|
+
print(df)
|
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124
|
+
print(J)
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125
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+
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126
|
+
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|
# フェルスター距離
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128
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κ2 = 2/3
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129
|
n = 1.33
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2
変数に関して定義していたコードの部分を加えました．
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CHANGED
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File without changes
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CHANGED
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@@ -15,6 +15,45 @@
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15
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ソースコード
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16
16
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python```ここに言語を入力
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17
17
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コード
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18
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+
# フェルスター距離
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19
|
+
κ2 = 2/3
|
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20
|
+
n = 1.33
|
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21
|
+
Qd = 0.15
|
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22
|
+
R0 = 0.02108*((κ2)*(n**-4)*(Qd)*J)**(1/6)
|
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23
|
+
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24
|
+
print(R0, "nm")
|
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25
|
+
|
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26
|
+
#FRET効率
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27
|
+
r = 3
|
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28
|
+
E = (R0)**6/((R0)**6+(r)**6)
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29
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+
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30
|
+
print(E)
|
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31
|
+
#吸収断面積
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32
|
+
import pandas as pd
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33
|
+
df = pd.read_csv('Cy3 spectrum.csv')
|
|
34
|
+
|
|
35
|
+
f = lambda x: ((3.823*10)**(-2)*250000*x)#ε=εA/max
|
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36
|
+
|
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37
|
+
df['Emission'].apply(f)
|
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38
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+
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39
|
+
σD = []
|
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40
|
+
σD = df['Emission'].apply(f)
|
|
41
|
+
|
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42
|
+
|
|
43
|
+
print(σD) #吸収断面積（ドナー）を入手
|
|
44
|
+
print(σD[250])#波長550 nm
|
|
45
|
+
df = pd.read_csv('Cy5 spectrum.csv')
|
|
46
|
+
|
|
47
|
+
f = lambda x: ((3.823*10)**(-2)*250000*x)#ε=εA/max
|
|
48
|
+
|
|
49
|
+
df['Emission'].apply(f)
|
|
50
|
+
|
|
51
|
+
σA = []
|
|
52
|
+
σA = df['Emission'].apply(f)
|
|
53
|
+
|
|
54
|
+
|
|
55
|
+
print(σA) #吸収断面積（アクセプタ）を入手
|
|
56
|
+
|
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18
57
|
import numpy as np
|
|
19
58
|
import matplotlib.pyplot as plt
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20
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1
コードブロック内にソースコードを挿入しました．
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CHANGED
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File without changes
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CHANGED
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@@ -11,27 +11,29 @@
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11
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エラーメッセージなし．おそらく数値が０であるからグラフにならないのか？
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12
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### 該当のソースコード
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13
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-
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+
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ソースコード
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+
python```ここに言語を入力
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+
コード
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16
18
|
import numpy as np
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17
19
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import matplotlib.pyplot as plt
|
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18
20
|
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|
21
|
+
|
|
19
22
|
#定数
|
|
20
23
|
τD = 3.5#(ns)
|
|
21
24
|
τA = 3.0#(ns)
|
|
22
25
|
|
|
23
|
-
kFRET = (1/τD)*(r/R0)**(-6)
|
|
26
|
+
kFRET = (1/τD)*(r/R0)**(-6)#FRET定数
|
|
24
|
-
kD = 1/τD
|
|
27
|
+
kD = 1/τD#定数
|
|
25
|
-
I = (10**(-2))/(10**(-5))*(10**(-5))
|
|
28
|
+
I = (10**(-2))/(10**(-5))*(10**(-5))#光強度
|
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26
29
|
|
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27
30
|
|
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28
31
|
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|
29
32
|
|
|
30
|
-
|
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31
33
|
#導関数dE1/dt
|
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32
34
|
def func_dE1dt(t, E1):
|
|
33
35
|
return (σD[250])*I-(kFRET+kD)*E1#dE1/dt = σD*I-(kFRET+kD)E1
|
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34
|
-
|
|
36
|
+
#導関数dE2/dt
|
|
35
37
|
def func_dE2dt(t, E1,E2):
|
|
36
38
|
return (σA[343])*I+kFRET*E1-kD*E2#dE2/dt = σA*I+kFRET*E1-kD*E2
|
|
37
39
|
|
|
@@ -78,7 +80,8 @@
|
|
|
78
80
|
plt.legend()
|
|
79
81
|
plt.show()
|
|
80
82
|
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81
|
-
|
|
83
|
+
コード
|
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84
|
+
```
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82
85
|
### 試したこと
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83
86
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リスト化できていないと思いt,E1,E2の部分を_t,_E1,_E2として実行したが不可能だった．（name _t is not difined）
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84
87
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### 補足情報（FW/ツールのバージョンなど）
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