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編集履歴

質問編集履歴

3

全てのソースコードを貼りました．冗長でみにくいかもしれませんがよろしくお願いします．CSVファイルはどのように貼ったら良いのでしょうか？

2021/12/08 08:25

投稿

taketake1108
taketake1108

スコア2

test CHANGED
File without changes
test CHANGED
@@ -32,6 +32,224 @@
32
32
 
33
33
  コード
34
34
 
35
+ import numpy as np
36
+
37
+ import matplotlib.pyplot as plt
38
+
39
+ from sympy import *
40
+
41
+ import csv
42
+
43
+ from scipy.integrate import odeint
44
+
45
+
46
+
47
+ import pandas as pd
48
+
49
+ pd.set_option('display.max_rows', None)
50
+
51
+
52
+
53
+ import pandas as pd
54
+
55
+ pd.read_csv('Cy3 spectrum.csv')
56
+
57
+
58
+
59
+ df = pd.read_csv('Cy3 spectrum.csv')
60
+
61
+
62
+
63
+ #df.iloc[0,:] 1行目すべてのデータを取り出す
64
+
65
+ df.iloc[:,1] #２列目すべてのデータを取り出す
66
+
67
+ λ = []
68
+
69
+ listB = []
70
+
71
+
72
+
73
+ λ = df['Wavelength']
74
+
75
+ listB = df['Emission']
76
+
77
+
78
+
79
+ leng = len(λ)
80
+
81
+ max = 0
82
+
83
+
84
+
85
+ for n in range(leng):
86
+
87
+ if listB[n]>max:
88
+
89
+ max = listB[n]
90
+
91
+ num = n
92
+
93
+ print(max)
94
+
95
+
96
+
97
+ import pandas as pd
98
+
99
+
100
+
101
+
102
+
103
+ f = lambda x: (x/max)
104
+
105
+
106
+
107
+ df['Emission'].apply(f)
108
+
109
+
110
+
111
+ f_D = []
112
+
113
+ f_D = df['Emission'].apply(f)
114
+
115
+
116
+
117
+
118
+
119
+
120
+
121
+ print(f_D) #規格化吸収スペクトルを入手　最大強度を１
122
+
123
+
124
+
125
+ plt.plot(λ,f_D)
126
+
127
+ plt.show()
128
+
129
+
130
+
131
+ import pandas as pd
132
+
133
+ pd.read_csv('Cy5 spectrum.csv')
134
+
135
+
136
+
137
+ df = pd.read_csv('Cy5 spectrum.csv')
138
+
139
+
140
+
141
+ #df.iloc[0,:] 1行目すべてのデータを取り出す
142
+
143
+ df.iloc[:,1] #２列目すべてのデータを取り出す
144
+
145
+ λ = []
146
+
147
+ listB = []
148
+
149
+
150
+
151
+ λ = df['Wavelength']
152
+
153
+ listB = df['Excitation']
154
+
155
+
156
+
157
+ leng = len(λ)
158
+
159
+ max = 0
160
+
161
+
162
+
163
+ for n in range(leng):
164
+
165
+ if listB[n]>max:
166
+
167
+ max = listB[n]
168
+
169
+ num = n
170
+
171
+ print(max)
172
+
173
+
174
+
175
+ import pandas as pd
176
+
177
+
178
+
179
+ f = lambda x: (250000*x/max)#ε=εA/max
180
+
181
+
182
+
183
+ df['Emission'].apply(f)
184
+
185
+
186
+
187
+ ε = []
188
+
189
+ ε = df['Emission'].apply(f)
190
+
191
+
192
+
193
+
194
+
195
+ print(ε) #規格化蛍光スペクトルを入手
196
+
197
+
198
+
199
+ plt.plot(λ,ε)
200
+
201
+ plt.show()
202
+
203
+
204
+
205
+ print(df)
206
+
207
+
208
+
209
+ #データフレームにε列を追加
210
+
211
+ df['Abs spe'] = ε
212
+
213
+
214
+
215
+ #データフレームにf_D列を追加
216
+
217
+ df['Flu spe'] = f_D
218
+
219
+
220
+
221
+ import numpy as np
222
+
223
+ import scipy
224
+
225
+ from scipy import integrate
226
+
227
+ import matplotlib.pyplot as plt
228
+
229
+ import pandas as pd
230
+
231
+ J_elem = []
232
+
233
+ J_elem = (f_D)*(ε)*(λ**4)
234
+
235
+
236
+
237
+ df['J_elem'] = J_elem
238
+
239
+
240
+
241
+
242
+
243
+ J = sum(J_elem)/sum(f_D)
244
+
245
+ print(df)
246
+
247
+ print(J)
248
+
249
+
250
+
251
+
252
+
35
253
  # フェルスター距離
36
254
 
37
255
  κ2 = 2/3

2

変数に関して定義していたコードの部分を加えました．

2021/12/08 08:25

投稿

taketake1108
taketake1108

スコア2

test CHANGED
File without changes
test CHANGED
@@ -32,6 +32,84 @@
32
32
 
33
33
  コード
34
34
 
35
+ # フェルスター距離
36
+
37
+ κ2 = 2/3
38
+
39
+ n = 1.33
40
+
41
+ Qd = 0.15
42
+
43
+ R0 = 0.02108*((κ2)*(n**-4)*(Qd)*J)**(1/6)
44
+
45
+
46
+
47
+ print(R0, "nm")
48
+
49
+
50
+
51
+ #FRET効率
52
+
53
+ r = 3
54
+
55
+ E = (R0)**6/((R0)**6+(r)**6)
56
+
57
+
58
+
59
+ print(E)
60
+
61
+ #吸収断面積
62
+
63
+ import pandas as pd
64
+
65
+ df = pd.read_csv('Cy3 spectrum.csv')
66
+
67
+
68
+
69
+ f = lambda x: ((3.823*10)**(-2)*250000*x)#ε=εA/max
70
+
71
+
72
+
73
+ df['Emission'].apply(f)
74
+
75
+
76
+
77
+ σD = []
78
+
79
+ σD = df['Emission'].apply(f)
80
+
81
+
82
+
83
+
84
+
85
+ print(σD) #吸収断面積（ドナー）を入手
86
+
87
+ print(σD[250])#波長550 nm
88
+
89
+ df = pd.read_csv('Cy5 spectrum.csv')
90
+
91
+
92
+
93
+ f = lambda x: ((3.823*10)**(-2)*250000*x)#ε=εA/max
94
+
95
+
96
+
97
+ df['Emission'].apply(f)
98
+
99
+
100
+
101
+ σA = []
102
+
103
+ σA = df['Emission'].apply(f)
104
+
105
+
106
+
107
+
108
+
109
+ print(σA) #吸収断面積（アクセプタ）を入手
110
+
111
+
112
+
35
113
  import numpy as np
36
114
 
37
115
  import matplotlib.pyplot as plt

1

コードブロック内にソースコードを挿入しました．

2021/12/08 08:17

投稿

taketake1108
taketake1108

スコア2

test CHANGED
File without changes
test CHANGED
@@ -24,13 +24,19 @@
24
24
 
25
25
 
26
26
 
27
- python
27
+
28
28
 
29
29
  ソースコード
30
+
31
+ python```ここに言語を入力
32
+
33
+ コード
30
34
 
31
35
  import numpy as np
32
36
 
33
37
  import matplotlib.pyplot as plt
38
+
39
+
34
40
 
35
41
 
36
42
 
@@ -42,13 +48,11 @@
42
48
 
43
49
 
44
50
 
45
- kFRET = (1/τD)*(r/R0)**(-6)
51
+ kFRET = (1/τD)*(r/R0)**(-6)#FRET定数
46
52
 
47
- kD = 1/τD
53
+ kD = 1/τD#定数
48
54
 
49
- I = (10**(-2))/(10**(-5))*(10**(-5))
55
+ I = (10**(-2))/(10**(-5))*(10**(-5))#光強度
50
-
51
-
52
56
 
53
57
 
54
58
 
@@ -64,7 +68,7 @@
64
68
 
65
69
  return (σD[250])*I-(kFRET+kD)*E1#dE1/dt = σD*I-(kFRET+kD)E1
66
70
 
67
-
71
+ #導関数dE2/dt
68
72
 
69
73
  def func_dE2dt(t, E1,E2):
70
74
 
@@ -158,7 +162,9 @@
158
162
 
159
163
 
160
164
 
165
+ コード
161
166
 
167
+ ```
162
168
 
163
169
  ### 試したこと
164
170