質問編集履歴
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最終的に得たい結果の例を追記しました。
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###
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### 結果
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68
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```Python
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70
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-
###
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+
### 扱いたいデータの例
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78
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```text
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80
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@@ -257,3 +257,35 @@
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257
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AAATGG
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258
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```
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### 最終的に得たい結果の例
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字数制限の都合上ATCG列は途中省略しました。
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+
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+
```text
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+
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Homo_sapiens
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+
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AT(省略)GA
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Mus_musculus
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GA(省略)AA
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+
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+
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Rattus_norvegicus
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CA(省略)TA
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+
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+
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+
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Drosophila_melanogaster
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+
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AG(省略)GG
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+
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+
```
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np.nanをNaNに訂正しました。
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@@ -1,12 +1,12 @@
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### 前提・実現したいこと
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2
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-
Pythonのpandasを用いてテキストファイルを読み込み作成したデータフレームのカラムから、正規表現で[]が含まれるカラム要素（カラムの要素のうちどれか1つ、そしてその1つのみに[]が含まれることは判明している）の[]内の文字列のみを抽出し、それを第0列のカラム要素として再インデックス付与した上で他のカラム要素を
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3
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+
Pythonのpandasを用いてテキストファイルを読み込み作成したデータフレームのカラムから、正規表現で[]が含まれるカラム要素（カラムの要素のうちどれか1つ、そしてその1つのみに[]が含まれることは判明している）の[]内の文字列のみを抽出し、それを第0列のカラム要素として再インデックス付与した上で他のカラム要素をNaNにしたいです。
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4
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5
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### 詳細
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-
コマンドラインで入力したテキストファイルをPythonのArgparse、pandasで読み込んで第0列のカラム要素をカラムのある要素に含まれる[]の中の文字列に置き換えて他のカラム要素を全て
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+
コマンドラインで入力したテキストファイルをPythonのArgparse、pandasで読み込んで第0列のカラム要素をカラムのある要素に含まれる[]の中の文字列に置き換えて他のカラム要素を全てNaNにし、さらにある列の要素に[]を含む行全ての第0列の要素をその行の[]内の文字列のみに置き換えて他の列の要素をNaNとするテキスト編集プログラムを作ろうとしています。そこでインターネットで調べたのですが、データフレームの要素を正規表現で検索、抽出する方法は分かったのですが、カラムのある要素を正規表現で検索、抽出する方法が分からないので教えて欲しいです。
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10
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微修正しました。内容に変更はありません。
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@@ -1,8 +1,4 @@
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```ここに言語を入力
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コード
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-
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-
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+
### 前提・実現したいこと
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Pythonのpandasを用いてテキストファイルを読み込み作成したデータフレームのカラムから、正規表現で[]が含まれるカラム要素（カラムの要素のうちどれか1つ、そしてその1つのみに[]が含まれることは判明している）の[]内の文字列のみを抽出し、それを第0列のカラム要素として再インデックス付与した上で他のカラム要素をnp.nanにしたいです。
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3
コード、結果、データをマークダウンで整形しました。
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@@ -1,4 +1,8 @@
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```ここに言語を入力
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+
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+
コード
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+
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-
### 前提・実現したいこと
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+
```### 前提・実現したいこと
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3
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Pythonのpandasを用いてテキストファイルを読み込み作成したデータフレームのカラムから、正規表現で[]が含まれるカラム要素（カラムの要素のうちどれか1つ、そしてその1つのみに[]が含まれることは判明している）の[]内の文字列のみを抽出し、それを第0列のカラム要素として再インデックス付与した上で他のカラム要素をnp.nanにしたいです。
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8
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@@ -24,6 +28,8 @@
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### コード（未完成）
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+
```Python
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+
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import argparse
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import numpy as np
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@@ -58,19 +64,23 @@
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main()
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60
66
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+
```
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+
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### 結果
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+
```Python
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+
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TypeError: expected string or bytes-like object
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+
```
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78
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+
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80
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### 扱いたいデータの例
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82
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71
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-
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+
```text
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-
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-
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>NEU2 neuraminidase 2[Homo sapiens] Gene ID: 4759, updated on 22-Aug-2020 NM_005383.2
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86
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@@ -249,3 +259,5 @@
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249
259
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AAGGCACTTAAGTGTGTTTTGGTACGGGAATGACAACTTGTGAATTTTTGTTCTCAGTTTTGCTAATTGT
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250
260
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251
261
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AAATGG
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262
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+
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263
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+
```
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2
扱いたいデータの例を追記しました。
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File without changes
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CHANGED
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@@ -63,3 +63,189 @@
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63
|
### 結果
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64
64
|
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65
65
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TypeError: expected string or bytes-like object
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66
|
+
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67
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+
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68
|
+
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69
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+
### 扱いたいデータの例
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70
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+
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71
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+
以下のような内容のテキストファイル
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72
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+
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73
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+
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74
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+
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75
|
+
>NEU2 neuraminidase 2[Homo sapiens] Gene ID: 4759, updated on 22-Aug-2020 NM_005383.2
|
|
76
|
+
|
|
77
|
+
ATGGCGTCCCTTCCTGTCCTGCAGAAGGAGAGCGTGTTCCAGTCGGGAGCCCATGCCTACAGAATCCCTG
|
|
78
|
+
|
|
79
|
+
CCCTGCTCTACCTGCCTGGGCAGCAGTCCCTGCTGGCCTTCGCGGAACAGCGGGCAAGCAAGAAGGATGA
|
|
80
|
+
|
|
81
|
+
GCACGCAGAGCTGATTGTCCTGCGCAGAGGAGACTACGACGCACCCACCCACCAGGTTCAGTGGCAAGCT
|
|
82
|
+
|
|
83
|
+
CAGGAGGTGGTGGCCCAGGCCCGGCTGGATGGCCACCGGTCCATGAACCCATGCCCCTTGTATGACGCGC
|
|
84
|
+
|
|
85
|
+
AGACGGGGACCCTCTTCCTCTTCTTCATTGCCATCCCTGGGCAAGTCACGGAGCAACAGCAGCTGCAGAC
|
|
86
|
+
|
|
87
|
+
CAGGGCCAATGTGACGCGGCTGTGCCAAGTCACCAGCACTGACCACGGGAGGACCTGGAGCTCCCCCAGA
|
|
88
|
+
|
|
89
|
+
GACCTCACTGATGCGGCCATCGGCCCAGCCTACCGGGAGTGGTCCACCTTTGCAGTGGGCCCGGGGCATT
|
|
90
|
+
|
|
91
|
+
GTTTGCAGCTTCACGACAGGGCCCGGAGCCTGGTGGTGCCCGCCTACGCCTACCGGAAACTTCACCCCAT
|
|
92
|
+
|
|
93
|
+
CCAAAGGCCGATCCCCTCTGCCTTCTGCTTCCTCAGCCATGACCATGGGCGCACGTGGGCGCGAGGGCAC
|
|
94
|
+
|
|
95
|
+
TTTGTGGCCCAGGACACCCTGGAGTGCCAGGTGGCCGAAGTCGAGACTGGGGAGCAGAGGGTGGTGACCC
|
|
96
|
+
|
|
97
|
+
TCAACGCGAGAAGCCACCTCCGAGCCAGGGTCCAGGCCCAGAGCACCAATGACGGGCTTGATTTCCAGGA
|
|
98
|
+
|
|
99
|
+
GTCTCAGCTGGTGAAGAAGCTGGTGGAGCCGCCGCCCCAGGGCTGCCAGGGGAGCGTCATCAGCTTCCCC
|
|
100
|
+
|
|
101
|
+
AGCCCCCGCTCGGGGCCTGGCTCCCCAGCCCAGTGGCTGCTCTACACTCACCCCACACACTCCTGGCAGA
|
|
102
|
+
|
|
103
|
+
GGGCCGACCTGGGTGCCTACCTCAACCCGCGACCTCCAGCCCCTGAGGCCTGGTCAGAGCCGGTACTGCT
|
|
104
|
+
|
|
105
|
+
GGCCAAGGGCAGCTGTGCCTACTCAGACCTCCAGAGCATGGGCACCGGCCCTGATGGGTCCCCCTTGTTT
|
|
106
|
+
|
|
107
|
+
GGGTGTCTGTACGAAGCCAATGATTACGAGGAGATTGTCTTTCTCATGTTCACCCTGAAGCAAGCCTTCC
|
|
108
|
+
|
|
109
|
+
CAGCTGAGTACCTGCCTCAGTGA
|
|
110
|
+
|
|
111
|
+
|
|
112
|
+
|
|
113
|
+
>Neu2 neuraminidase 2[Mus musculus] Gene ID: 23956, updated on 25-Aug-2020 NM_001160163.1
|
|
114
|
+
|
|
115
|
+
GACATGACCCAAACGGCCCCTGGCTGCAAGGTAATATCGGAAGTTGACTAAGAATGGACGCCCCACCACT
|
|
116
|
+
|
|
117
|
+
GACTGACCCGCCCCCTGAGTCTGAGATTGGACTTGTCTCTGGATACAGTCATACTTTGAGGTACTACAAG
|
|
118
|
+
|
|
119
|
+
TTAGAAACTGTTAGGTTACTCAGTTCAGTCCATGACAGTCCAACCTTCTCCATGGTTTTCCGATCTCAGG
|
|
120
|
+
|
|
121
|
+
CCCATGGCGACCTGCCCTGTCCTGCAGAAGGAGACACTGTTCCGCACAGGCGTCCATGCTTACAGAATCC
|
|
122
|
+
|
|
123
|
+
CTGCTCTGCTCTACCTGAAGAAGCAGAAGACCCTGCTGGCCTTTGCGGAAAAGCGAGCCAGCAAGACGGA
|
|
124
|
+
|
|
125
|
+
TGAGCACGCAGAGTTGATTGTCCTGAGAAGAGGAAGCTACAACGAAGCCACCAACCGTGTCAAGTGGCAG
|
|
126
|
+
|
|
127
|
+
CCTGAGGAAGTGGTGACCCAAGCCCAGCTGGAAGGCCACCGCTCCATGAATCCATGTCCCTTGTATGACA
|
|
128
|
+
|
|
129
|
+
AGCAAACAAAGACCCTCTTCCTTTTCTTCATCGCTGTCCCTGGGCGTGTATCAGAACATCATCAGCTCCA
|
|
130
|
+
|
|
131
|
+
CACTAAGGTTAATGTCACACGGCTGTGCTGTGTCAGCAGCACTGACCATGGGAGGACCTGGAGCCCCATC
|
|
132
|
+
|
|
133
|
+
CAGGACCTCACAGAGACCACCATTGGCAGCACTCATCAGGAATGGGCCACATTTGCTGTGGGTCCTGGGC
|
|
134
|
+
|
|
135
|
+
ATTGTCTGCAGCTGCGGAACCCAGCTGGGAGCCTGCTGGTACCTGCTTATGCCTACCGGAAACTGCACCC
|
|
136
|
+
|
|
137
|
+
TGCTCAGAAGCCTACCCCCTTTGCCTTCTGCTTCATCAGCCTTGACCATGGGCACACATGGAAACTAGGC
|
|
138
|
+
|
|
139
|
+
AACTTTGTGGCTGAAAACTCACTGGAGTGCCAGGTGGCTGAGGTTGGCACTGGAGCTCAGAGGATGGTAT
|
|
140
|
+
|
|
141
|
+
ATCTCAATGCTAGGAGCTTCCTGGGAGCCAGGGTCCAGGCACAAAGTCCTAATGATGGTCTGGATTTCCA
|
|
142
|
+
|
|
143
|
+
GGACAACCGGGTAGTGAGTAAGCTTGTAGAGCCCCCCCACGGGTGTCATGGAAGTGTGGTTGCCTTCCAC
|
|
144
|
+
|
|
145
|
+
AACCCCATCTCTAAGCCACATGCCTTAGACACATGGCTTCTTTATACACACCCTACAGACTCCAGGAATA
|
|
146
|
+
|
|
147
|
+
GAACCAACCTGGGTGTGTACCTAAACCAGATGCCACTAGATCCCACAGCCTGGTCAGAGCCCACCCTGCT
|
|
148
|
+
|
|
149
|
+
GGCCATGGGCATCTGTGCCTACTCAGACTTACAGAACATGGGGCAAGGCCCTGATGGCTCCCCACAGTTT
|
|
150
|
+
|
|
151
|
+
GGGTGTCTGTATGAATCAGGTAACTATGAAGAGATCATTTTCCTCATATTCACCCTGAAGCAAGCTTTCC
|
|
152
|
+
|
|
153
|
+
CCACTGTATTTGATGCCCAGTGATCTCAGTGCACGTGGCCCAAAGGGCTTCCTTGTGCTTCAAAACACCC
|
|
154
|
+
|
|
155
|
+
ATCTCTCTTTGCTTCCAGCATCCTCTGGACTCTTGAGTCCAGCTCTTGGGTAACTTCCTCAGGAGGATGC
|
|
156
|
+
|
|
157
|
+
AGAGAATTTGGTCTCTTGACTCTCTGCAGGCCTTATTGTTTCAGCCTCTGGTTCTCTTTTCAGCCCAGAA
|
|
158
|
+
|
|
159
|
+
ATCAAAGGAGCCTGGCTTTCCTCAGCCTGTTGGCAGGGCAGGTGGGGACAGTATATATAGAGGCTGCCAT
|
|
160
|
+
|
|
161
|
+
TCTGCATGTCGGTTGTCACTATGCTAGTTTAACCTGCCTGTTTCCCCATGCCTAGTGTTTGAATGAGTAT
|
|
162
|
+
|
|
163
|
+
TAATAAAATATCCAACCCAGCCCATTTCTTCCTGGAAAAAAA
|
|
164
|
+
|
|
165
|
+
|
|
166
|
+
|
|
167
|
+
>Neu2 neuraminidase 2[Rattus norvegicus] Gene ID: 29204, updated on 4-Jun-2020 XM_006245364.1
|
|
168
|
+
|
|
169
|
+
CACACACCTTCCTAGAAGCCAGGCAAGAGGGGAGGTGCCACTGAGGTGCAGGTTGACATGACCAGAACAG
|
|
170
|
+
|
|
171
|
+
TTCCTGGCTACAAGATCTCAGGCCCATGGAGACCTGCCCCGTCCTCCAGAAAGAGACGCTGTTCCACACA
|
|
172
|
+
|
|
173
|
+
GAAGTCTATGCTTACAGAATCCCTGCTCTGCTCTACCTGAAGAAGCAGAAGACCCTGCTGGCCTTTGCAG
|
|
174
|
+
|
|
175
|
+
AAAAGCGAGCCAGCAGGACGGATGAGCATGCTGAGTTGATTGTCCTGCGAAGAGGGAGCTACAATGGAGC
|
|
176
|
+
|
|
177
|
+
CACCAACCATGTCAAGTGGCAACCTGAGGAAGTGGTGACCCAAGCCCAGCTGGAGGGCCACCGCTCCATG
|
|
178
|
+
|
|
179
|
+
AATCCATGTCCCTTGTATGACAAGCAAACAAAGACCCTCTTCCTTTTCTTCATTGCTGTCCCTGGGCGTG
|
|
180
|
+
|
|
181
|
+
TATCAGAACAGCATCAGCTCCAAACTAGGGTTAATGTCACACGGCTATGCCGTGTCACCAGCACCGATTA
|
|
182
|
+
|
|
183
|
+
TGGGATGAACTGGAGCCCCGTCCAGGACCTCACAGAGACCACCATTGGCAGCACCCACCAGGACTGGGCC
|
|
184
|
+
|
|
185
|
+
ACATTTGCTGTGGGTCCAGGGCACTGTCTGCAGCTGCGGAACAGAGCTGGGAGCCTGCTGGTACCTGCTT
|
|
186
|
+
|
|
187
|
+
ATGCCTACCAGAAGCTGCACCCTGTCCATAAACCTACCCCCTTTGCCTTCTGCTTCATCAGCCTTGACCA
|
|
188
|
+
|
|
189
|
+
CGGGCACACGTGGGAACTAGGGAACTTTGTGTCTGAGAACTCACTGGAGTGTCAGGTGGCTGAGGTTGGC
|
|
190
|
+
|
|
191
|
+
ACTGGTGCTCATAGGGTGGTATATCTCAATGCTAGGAGCTTCATAGGAGCTAGAGTCCAGGCACAAAGTC
|
|
192
|
+
|
|
193
|
+
CTAACGATGGCCTGGATTTCCAGGACAACCAGGTAGTAAGTAAGCTTGTAGAGCCCCCCCACGGGTGTCA
|
|
194
|
+
|
|
195
|
+
TGGAAGTGTGGTCGCCTTCCACAGCCCCACCTCTAAGCCAGATGCCTTAGACATGTGGCTGCTTTATACC
|
|
196
|
+
|
|
197
|
+
CACCCTACGGACTCCAGGAATAGAACCAACCTGGGCGTGTACCTCAACCAGACGCCACTAGATCCCACAG
|
|
198
|
+
|
|
199
|
+
CCTGGTCAGAGCCCACCCTGCTAGCCACGGGCACCTGTGCCTACTCAGACTTGCAGAATATGGGGCGTGG
|
|
200
|
+
|
|
201
|
+
CCCTGATGGGTCCCCACAGTTTGGGTGCCTGTATGAATCAGGTAACTATGACGAGATCATTTTCCTCATG
|
|
202
|
+
|
|
203
|
+
TTCACCCTGAAGCAAGCTTTTCCCACAGTACATGGTGCTCAGTGACCTCATTGCATGTGGCTTCCAAAGG
|
|
204
|
+
|
|
205
|
+
GCTTCCTGTGCTTCAGAACACCCGTCTCTCTTTCCTTCCAGCATCCTCTGGACTCTTGAATCCAGCTCTT
|
|
206
|
+
|
|
207
|
+
GGGTCTGTTCCTTGGGAGTATACAGAGAGTTTGGTCTCTTGACTCTTAGCAAGTTTTGTTCTTTCAGCCT
|
|
208
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+
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209
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+
CCGAAAGTGGGTTCTATTTTCAGCCCAGAAATCAAAGGAGCCTGACTTTCCTCAGCCTGTATGTATAAAG
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210
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+
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211
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+
GCTGCCACTCTGCATGTTGGCTGTCACTATGTTAGCTTAACCTGCCTGTTTCCCCATGCCTAGTTTTTGG
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212
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+
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213
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+
ATGAATATTAATAAATTAATTATCCTACTCAGCCTA
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214
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+
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215
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+
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216
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+
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217
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+
>Neu2 Neuroectoderm-expressed 2[Drosophila melanogaster] Gene ID: 40375, created on 31-Jul-2003 NM_001275231.1
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218
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+
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219
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+
AGAAGGAGTACAACCCTTGTCATAGCAACATCTTTACAGATTGCCAATTCCTGTGCTTATTGCCACATTT
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220
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+
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221
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+
TAAATACGCATTCGCCGTGAACAAACACGAAAATAAGATCGATGGAATCGTCAATATGCCGAGTTTGCCT
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222
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+
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223
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+
GGTCAGTTACGAAAATATGGCCAGTGTTTTCGATGAGTCTCATGAACCGGGCCTATCCATTGCGTACATA
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224
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+
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225
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+
ATATACAAGTGCACCGGCTGGCAAGTTGAGAAGCACGATCCACTGTCCAACACCATATGCAAGTCCTGTC
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226
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+
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227
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+
TGGAGGATGCGCAGAATGCATTCGATATCATAGAAACGTACGAGAGAAGTCACCAGTTTTACCGCTTCCT
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228
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+
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229
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+
CAAGGATGTACGGGAGGAGGAGAGTGAAAATGATGGATCCGGATGCTCAGAAGAAGTGGAGGCAGCTGAG
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230
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+
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231
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+
AGGGATCTCCAGGATGGTGCCGACGACGTCGATTCCGGCAATGAACCTGATATTAACGAATGTGATATCA
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232
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+
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233
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+
AGGCCAAGGAGAAACCAGGCTTTAGCTGTTCTCACTGCCCTAAATCTTTTCAAGTAAAATCAAATCTGAA
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234
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+
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235
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+
GGTACACATGCGTTCACACACAGGAGAACGTCCCTTCACGTGTTCCCTCTGCCCCAAGTCCTTTGGCTAT
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236
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+
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237
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+
AGCTCTGGTCTTCAGAATCACATGCGAACCCACACAGGAGAACGACCCTTCCAGTGCTCGCATTGCCCAA
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238
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+
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239
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+
GGTCCTTTACAGCTGGGCACCACCTCAAGGCCCACATACAGATGCACGAAAGAAGAGGATCGTTAAGGTG
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240
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+
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241
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+
CCCATACTGCCAAAAGTGCTTTCTAACTTCTTTAATTCTCAAGCAGCATTTGGCCACGCACACTGATGAA
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242
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+
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|
243
|
+
ACGCAGTTCAAGTGTTCCCAGTGCTCGAAGTCCTTTCAAGTCGAACATGAACTTTGGATGCACATGCGAG
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244
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+
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245
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+
TGCACCAAGAACGCCTCTTTACTTGTGGCCATTGCTCAAAGGACTTTGCGCTACATGCGTATCTCAAGCG
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246
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+
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247
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+
ACACCTGTCAAGGAACGCGAGATGCTCTCAAAGCTCAAAAGCATCTGCTCACAAAACACTAGGCCACTCA
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248
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+
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249
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+
AAGGCACTTAAGTGTGTTTTGGTACGGGAATGACAACTTGTGAATTTTTGTTCTCAGTTTTGCTAATTGT
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250
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+
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251
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+
AAATGG
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1
コードと結果を追記しました。
test
CHANGED
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File without changes
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test
CHANGED
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@@ -19,3 +19,47 @@
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19
19
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### 使用ライブラリ
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20
20
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21
21
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pandas, NumPy, Argparse
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+
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23
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+
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24
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+
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25
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+
### コード（未完成）
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26
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+
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27
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+
import argparse
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+
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29
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+
import numpy as np
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30
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+
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31
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+
import pandas as pd
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32
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+
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33
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+
import re
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34
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+
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35
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+
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36
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+
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37
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+
def main():
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38
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+
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39
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+
parser = argparse.ArgumentParser(description="")
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40
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+
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41
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+
parser.add_argument("importfile", type=str, help="TSV file input")
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42
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+
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43
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+
args = parser.parse_args()
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44
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+
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45
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+
df = pd.read_table(args.importfile)
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46
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+
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47
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+
df_column_list=list(df.columns)
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48
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+
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49
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+
df_column_list_2=re.findall('(?<=[).*?(?=])',df_column_list)
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50
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+
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51
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+
df.columns=df_column_list_2
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52
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+
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53
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+
print(df)
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54
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+
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55
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+
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56
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+
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57
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+
if __name__ == "__main__":
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+
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59
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+
main()
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60
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+
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61
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+
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+
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### 結果
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65
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+
TypeError: expected string or bytes-like object
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