質問編集履歴
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その次は、13169
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その次は、131069（≒65535×2）ファイルで、同様に重複する値を取得します。
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その次は、131
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その次は、131699（≒65535×2）ファイルで、同様に重複する値を取得します。
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情報の追加です
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OS:Windows10 Pro,Home
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PHP version:PHP 7.2.26 (cli)、PHP7.4.9 (cli)
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みなさま、回答コメントありがとうございます。
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とりあえず自分の環境でだけ起こっているのではない、ということが確認でき安心しました。
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別OS,別バージョン,別ファイルシステムについては、試す環境と時間がないので申し訳ありませんが、追加の情報はありません。
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何個目のファイルから、どのファイルが重複してカウントされるかを確認するために、ファイル名の数字の桁を10桁にそろえて確認しました。
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<?php
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$max=65535*2;
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$dir='test/';
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for ($i=1;$i<=$max;$i++){
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file_put_contents($dir.sprintf("%010d",$i).".txt",$i);
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$files=glob($dir."*");
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echo count($files);
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65533ファイルまでは問題なく動作し、65534ファイルになるとglobで取得する値が65535個となり、0000065534.txtを2回取得しています。
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その次は、131701（≒65535×2）ファイルで、同様に重複する値を取得します。
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これ以上は検証していませんが、多分、65535ファイル毎に重複する
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ファイルが1つずつ増えていく感じでしょうか。
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現時点で確認している不具合はファイルの一覧を取得した際、存在しているファイルを重複して取得するだけなので、m6uさんのarray_unique()で対処可能です。
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ただ、重複するのではなく、例えば取りこぼす（ファイルが存在するのに取得しない）ような不具合が仮にあったとすれば、array_unique()では対処できないので、別の方法を考える必要がありそうです。
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WindowsのPHPで、ディレクトリ一覧がうまく取得できない
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WindowsのPHPで、ディレクトリ内ファイル一覧がうまく取得できない
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