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gdbで問題発生箇所を特定?

2020/05/20 11:34

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sirami
sirami

スコア0

test CHANGED
File without changes
test CHANGED
@@ -169,3 +169,55 @@
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  プログラムはこちらからダウンロードしました。
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  [https://github.com/soedinglab/hh-suite](https://github.com/soedinglab/hh-suite)
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+
173
+
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+
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+ ### 追加情報
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+
177
+
178
+
179
+ gdbというものを実行したうえでプログラムを走らせたところ、
180
+
181
+
182
+
183
+ ```
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+
185
+ Thread 1 "hhblits" received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
186
+
187
+ __strnlen_avx2 () at ../sysdeps/x86_64/multiarch/strlen-avx2.S:62
188
+
189
+ 62 ../sysdeps/x86_64/multiarch/strlen-avx2.S: No such file or directory.
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+
191
+
192
+
193
+ (gdb) where
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+
195
+ #0 __strnlen_avx2 () at ../sysdeps/x86_64/multiarch/strlen-avx2.S:62
196
+
197
+ #1 0x00007ffffeac9fa1 in __old_fmemopen (buf=0xfdec293c1, len=6001, mode=0x80c229c "r") at oldfmemopen.c:245
198
+
199
+ #2 0x000000000807c5ce in HHDatabaseEntry::getTemplateHMM(Parameters&, char, float, int&, float*, float const (*) [20], float const (*) [20], HMM*) ()
200
+
201
+ #3 0x000000000808ede3 in ViterbiRunner::alignment(Parameters&, HMMSimd*, std::vector<HHEntry*, std::allocator<HHEntry*> >, float, float*, float const (*) [20], float const (*) [20], float const (*) [20], int, float const (*) [4][11], float const (*) [11][4][11], float const (*) [11][8]) [clone ._omp_fn.0] ()
202
+
203
+ #4 0x00007fffff63ce92 in GOMP_parallel (
204
+
205
+ fn=0x808eb80 <ViterbiRunner::alignment(Parameters&, HMMSimd*, std::vector<HHEntry*, std::allocator<HHEntry*> >, float, float*, float const (*) [20], float const (*) [20], float const (*) [20], int, float const (*) [4][11], float const (*) [11][4][11], float const (*) [11][8]) [clone ._omp_fn.0]>, data=0x7ffffff5bb80, num_threads=2, flags=0)
206
+
207
+ at /home/nwani/m3/conda-bld/compilers_linux-64_1560109574129/work/.build/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/src/gcc/libgomp/parallel.c:171
208
+
209
+ #5 0x000000000808fc5e in ViterbiRunner::alignment(Parameters&, HMMSimd*, std::vector<HHEntry*, std::allocator<HHEntry*> >, float, float*, float const (*) [20], float const (*) [20], float const (*) [20], int, float const (*) [4][11], float const (*) [11][4][11], float const (*) [11][8]) ()
210
+
211
+ #6 0x00000000080205fc in HHblits::run(_IO_FILE*, char*) ()
212
+
213
+ #7 0x0000000008012160 in main ()
214
+
215
+ ```
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+
217
+
218
+
219
+ と出ました。核心をついているような気もしますが、解読が出来ません・・・。
220
+
221
+ もしかしてstrlen-avx2.Sとやらを用意しておけばそれでオッケーってことなんですかね?
222
+
223
+ グーグルで調べてもあまり何のファイルなのかわかりませんが