質問編集履歴
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その後の状況を追記
    
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            Webアプリ本体は触らずに、WAFの部分を変えるだけでいけるのがベストです。
         
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            JavaScriptだけBasci認証を外すというのも考えられますが、本来は内部アクセス限定のサイトであるため、内部情報が含まれないはずのJavaScriptであっても、何も制限せずに外から見える形にしたくはありません。
         
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            JavaScriptだけBasci認証を外すというのも考えられますが、本来は内部アクセス限定のサイトであるため、内部情報が含まれないはずのJavaScriptであっても、何も制限せずに外から見える形にしたくはありません。(その後の状況の追記にあるとおり、この方法で回避できることは確認しています)
         
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            なお、WebアプリでモジュールベースのJavaScriptを普通の読み込みに変えるというのは、webpackとかで`import`文をなくしていく仕組みを入れる所から始める必要があるため、工数的にちょっとすぐに対応できるものではありません。ひとまず、その方法は無しでお願いします。
         
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            * ModSecurity2の設定はrecommendedを使用し、細かいカスタマイズはありません。
         
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            * 通信はHTTPS化されています。
         
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            * Basic認証がない内部からの場合は、Safariであっても正常にアクセスでき、Webアプリを利用できます。
         
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            * Basic認証がない内部からの場合は、Safariであっても正常にアクセスでき、Webアプリを利用できます。
         
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            ### その後の状況(2020年7月11日追記)
         
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            しばらく回答もなく、良い解決策が見つからないため、JavaScriptが含まれるassets周りのみBasic認証から外すことで現在は回避できています。assetsにあるファイルは静的なコンテンツのみであり、第三者に閲覧されても問題ないという判断です。
         
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            ただ、やはり、妥協していることには変わりありません。引き続き、良い方法がないか、回答を募集します。
         
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