質問編集履歴
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誤字
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CHANGED
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File without changes
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test
CHANGED
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@@ -112,7 +112,7 @@
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112
112
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113
113
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for create_seq_1 in range (0,seq_num):
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114
114
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115
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-
seq =
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115
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+
seq = patarn_list[create_seq_1][create_seq]
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116
116
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117
117
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seq_unit += seq
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118
118
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2
誤字
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CHANGED
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File without changes
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test
CHANGED
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@@ -4,7 +4,7 @@
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4
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5
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6
6
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-
###時間のかかる以下のコードを改善したい↓
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+
###時間のかかる以下のコードを改善したいです↓
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8
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9
9
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```python3
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追記。変数の訂正
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File without changes
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test
CHANGED
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@@ -1,6 +1,14 @@
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+
#※すみません、質問内容に記載したコードの変数等が意味をなしていないので変更しました。あと、さらなる問題が発覚したので追記しました。
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+
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+
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+
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+
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6
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+
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1
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###時間のかかる以下のコードを改善したい↓
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2
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```python3
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+
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+
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import more_itertools
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@@ -10,25 +18,27 @@
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gen = more_itertools.distinct_permutations(amino_acid)
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-
a = list(gen)
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+
all_patarn = list(gen)
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-
b = 0
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-
for index in a:
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-
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+
patarn_list = []
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-
for index_1 in index:
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-
string += index_1
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25
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-
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+
for each_patarn in all_patarn:
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26
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-
string = ""
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+
string_aminoacid = ""
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29
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-
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+
for each_patarn_word in each_patarn:
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30
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+
string_aminoacid += each_patarn_word
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+
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31
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-
print(
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+
print(string_aminoacid)
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38
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+
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39
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+
patarn_list.append(string_aminoacid)
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+
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41
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+
string_aminoacid = ""
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32
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33
43
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```
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44
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@@ -39,3 +49,77 @@
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もっと、高速化するためにforを2回繰り返しているところを改善したいのですが、どのようにすると良いでしょうか？
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ご教授ください。
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+
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+
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+
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+
さらにここから、以下のコードに完成したデータを代入する予定です。
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+
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+
amino_acidは21個の文字列でできているため、14,244,300*21通りの処理をすることとなり、かなり遅くなってしまうことが確実です。
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+
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+
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+
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+
```Python3
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+
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+
import more_itertools
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+
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+
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+
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+
amino_acid = 'L'*4 + 'A'*4 + '-'*13
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+
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+
gen = more_itertools.distinct_permutations(amino_acid)
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+
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71
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+
all_patarn = list(gen)
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72
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+
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73
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+
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74
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+
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+
patarn_list = []
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+
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+
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+
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+
for each_patarn in all_patarn:
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+
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+
string_aminoacid = ""
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+
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+
for each_patarn_word in each_patarn:
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+
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+
string_aminoacid += each_patarn_word
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+
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+
# print(string_aminoacid)
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+
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89
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+
patarn_list.append(string_aminoacid)
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+
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+
string_aminoacid = ""
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+
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+
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+
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+
↑上記コードと同様
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+
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+
-------------------------------------------
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+
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+
↓上記の結果を利用するコード
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+
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+
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+
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+
seq_num_1 = len(patarn_list[0])
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+
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+
seq_num = len(patarn_list)
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+
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+
seq_list = []
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+
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+
for create_seq in range (0,seq_num_1):
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+
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+
seq_unit = ""
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+
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+
for create_seq_1 in range (0,seq_num):
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+
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+
seq = column_list[create_seq_1][create_seq]
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+
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+
seq_unit += seq
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118
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+
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119
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+
seq_list.append(seq_unit)
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120
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+
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121
|
+
seq_unit = ""
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122
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+
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123
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+
print(seq_list)
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124
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+
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+
```
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