質問編集履歴
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依頼や回答による追記
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[12factor app](https://12factor.net/ja/config)のようにモダンな思想でアプリケーションを開発したいと思っております。
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どの言語のどのフレームワークがその思想を取り入れているかはすべて把握しておりませんが**、設定をコードから厳密に分離**したいです。（PHPの[Symfony](https://symfony.com/blog/new-in-symfony-3-2-runtime-environment-variables)や[Laravel](https://laravel.com/docs/5.5/configuration#environment-configuration)はその思想を取り入れていることまで把握しております）
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それを踏まえてWebアプリケーションで使用するシークレット情報（DB接続情報やAPIキー等）を環境変数に格納したいのですが、どのような方法で行うのがベターでしょうか？
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環境変数を設定する方法としては以下の２パターンあることまで調べましたがどちらが良いのかまで判断するに至りませんでした。
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#####前提事項
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特定言語やフレームワークに依存しない方法を求めている。
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Docker等を利用した環境の話ではない。
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ただしDocker等を利用した環境の話ではない。
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プラットフォーム（AWS等）が提供しているGUIで環境変数を管理する機能は対象外。
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環境はプロダクション環境を対象。
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