とてつもなく当てずっぽうで残念な回答になるかと思いますが、ご容赦ください。
画像を拝見する限りだと、Atomエディタで編集しているindex.phpの位置がtempファイルを示しているので、履歴から開いたものだと推測します。
しかし、そこに記述したはずの内容がなく、かつブラウザでは表示されるということは、もしかしたら直接MyCentOS上のファイルを編集していたのではないかなと推測します。
となりますと、一度CyberDuckでデスクトップなどの分かりやすい場所にindex.phpファイルをドラック&ドロップして、Windows環境に落としてくるのが良いと思います。
そして今後はデスクトップなどの分かりやすい場所にダウンロードしたindex.phpを編集し、それをCyberDuckにドラック&ドロップしてMyCentOSにアップロードする。という手順を踏んだ方が混乱しなくていいと思います。
以上です。拙い回答ですが、ご容赦ください。
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2017/03/31 15:15
2017/03/31 15:26
2017/04/03 03:18