WiXにてマルチプロダクトインストーラを作成したい

Question

###前提・実現したいこと
WiXにてマルチプロダクトに対応したインストーラを作成しています。
Fileに使用するファイルをすべて記載しFeatureでプロダクトを分けビルド時に(スクリプトなどで)Levelを変更することによってプロダクトを切り替える方針で実装していました。

とにかく実現したいこととしてマルチプロダクト対応のインストーラの作成ができれば実装方法は何でも構いません。

###発生している問題・エラーメッセージ
Fileに使用するファイルをすべて記載しているのですが、プロダクトによって同じファイル名でも中身の違うファイルがあり同じ階層であるためファイルが重複している旨のエラーが出てしまいます。
各Featureが排他的でないのが原因だと思いますがそういう設定をできそうなプロパティもありませんでした。
以下がイメージです。

TargetDir
|-FileA(Product1用)
|-FileA(Product2用)
...

###試したこと
別の実装方法を含めて調査しているのですが情報も少なく手詰まりの状態です。

###補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)
WiX Toolset Ver.3.10.3