xhtml テーブルの差を再帰処理で埋めたい。

###前提・実現したいこと
xhtmlのtableを比較したいですが、比較元と比較先でtrのエレメント数が一致してない場合があり、差を埋める処理がわかりません。
最終的に比較元、比較先のtd要素の場所が同じ位置に配置されればいいです。

比較元 =================================

<html>
<body>
<table>
<tbody>
<tr>
    <td rowspan="3">A.</td>
    <td>1-1</td>
    <td>1-2</td>
</tr>
<tr>
    <td>2-1</td>
    <td>2-2</td>
</tr>
<tr>
    <td>3-1</td>
    <td>3-2</td>
</tr>
</table>
/tbody>
<body>
</html>

比較先 =================================

<html>
<body>
<table>
<tbody>
<tr>
    <td rowspan="2">A.</td>
    <td>1-1</td>
    <td>1-2</td>
</tr>
<tr>
    <td>3-1</td>
    <td>3-2</td>
</tr>
<tr>
    <td>B.</td>
</tr>
</table>
/tbody>
<body>
</html>

差を埋めた状態元 =================================

<html>
<body>
<table>
<tbody>
<tr>
    <td rowspan="3">A.</td>
    <td>1-1</td>
    <td>1-2</td>
</tr>
<tr>
    <td>2-1</td>
    <td>2-2</td>
</tr>
<tr>
    <td>3-1</td>
    <td>3-2</td>
</tr>
<tr>
    <td></td>   ← 比較先のtd要素
</tr>
</table>
/tbody>
<body>
</html>

差を埋めた状態先 =================================

<html>
<body>
<table>
<tbody>
<tr>
    <td rowspan="2">A.</td>
    <td>1-1</td>
    <td>1-2</td>
</tr>
<tr>
    <td></td>  ← 比較元 のtd要素
    <td></td>  ← 比較元 のtd要素
</tr>
<tr>
    <td>3-1</td>
    <td>3-2</td>
</tr>
<tr>
    <td>B.</td>
</tr>
</table>
/tbody>
<body>
</html>

再帰処理で試してみましたが、片方は埋めることができたのですが、両方のギャップを埋めることができませんでした。
なにか、手がかりでもご教授いただければと思います。