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ECLIPSEで改行コードを無視した比較ができない

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初歩的な質問で申し訳ないのですが、
ECLIPSEで改行を無視したコードの比較をしたいのですが、それがどうしてもできません。
色々調べて「ウィンドウ>設定>一般>比較/パッチ>空白を無視」という設定にチェックを入れたら大丈夫とのことでしたが、それでもできませんでした。
もしご存知の方いらっしゃいましたら、教えていただけましたら助かります。

環境は、
Version: Luna SR1 (4.4.1)
Build id: M20140910-2310
です。

宜しくお願いします。

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