self::と$this->の使い分け

まずはまとめというか私の見解から

• self::xxxのメソッドは、static宣言されているのですか？されてないなら単純に作った人のミスです。
• 今更質問するということは、クラスが２種類の働き方をする設計を意識したこと無いのでは？だから現在の設計はクラスはインスタンス化して使う前提で設計されているはずなので、$this->で統一してもいいのでは？
• ２種類の働き方をするクラスは人によっては「気持ち悪い。別にクラス２つ作ればいいじゃん」と感じるようです。今までどおり$this->で統一するやり方も十分ありです。

下記に根拠、２種類の働き方をするクラスの紹介をします。
※この２種類の働き方をするクラスって正式名称みたいなものはあるのですかね…？

正直、どっちでもいい話だと思いますが、作法としてはどうなのかが気になって、質問させて頂きました。

前提としてはクラスに紐づくメソッドか、インスタンスに紐づくメソッドかで決まります。

下記のようなDBとそのモデルがあったとして、例を含めて説明します。
DBのテーブル「users」とそのユーザーが管理画面で操作するのに「projects」というテーブルを用意します。

• テーブル「users」にアクセスする「model/user.php」と「class User」
• テーブル「projects」にアクセスする「model/project.php」と「class Project」

「削除済みのユーザー一覧」が欲しいという要望があったので、usersテーブルはdeletedというカラムを持ち、deletedに日付が入っているレコードは論理削除されたという設計にしました。
また、Userモデルの実装でUser::find_deleted_usersというメソッドを用意し、
select * from users where deleted is not null;というSQLが走り、帰ってきたデータをUsersのインスタンスの配列で返す設計にしました。

削除されたユーザーが作ったプロジェクトも論理削除したいですよね？
Userのインスタンス用のメソッドにprojectsを作成して、Project::find_by_user_id($id)というメソッドを用意して、そのインスタンスが帰るように設計しました。

// 削除されたユーザーに紐づくプロジェクトの配列を取得する
$target_projects = [];
foreach (User::find_deleted_users() as $user) {
  foreach ($user->projects as $project) {
    $target_projects[] = $project;
  }
}

以上の設計では、UserやProjedctというクラスが２つの役割を持っている事がわかります。
このケースでは$thisとselfは相互不干渉であることがわかります。

クラスの基礎では スタティックではないメソッドのスタティック呼び出し全般が非推奨とあります。
これは質問者さんのような「上記の前提を業務に置き換えた時、どっちが$this->でどっちがselfかもうわかんね！」となった人が多いのでしょう

PHP7.0は良いガイドラインで、PHP5.6以下でも上記の設計に従った方が良いでしょう。
上記の例に当てはめると、下記のようにメソッドを定義する時点で明文化して相互不干渉ということを宣言する必要があります。

class User {
  public $user;
  function __construct ($user) {
    $this->user = $user;
  }
  function projects() {
    return Project::find_by_user_id();
  }
  static function find_deleted_users() {
    $sql = "select * from users where deleted is not null;";
    // DBに接続
    return $users;
  }
}

追記：インスタンス化されたオブジェクトがself::xxxを使う意味について解説してなかったですね…
この辺は完全に設計者の好みになることをまず前提として書いておきます。

数学的な意味での関数はある変数に依存して決まる値あるいはその対応を表す式の事であった。と説明されています。
クラス定数なんかもPHPでは宣言出来ますが、staticのメソッドはその関数版として扱う事も考えられます。

この辺は関数型プログラミングの話になってきますので端折りますが、
staticメソッドは≒参照透過性のメソッドという宣言なわけで、
単体テストのコードによる自動テストが非常にしやすく、正常な動作を保証しやすい事がメリットとして挙げられます。

とりあえず、出来ればそのself::を使った方と一度話してみてください。
(説明が要領得なかったり、staticのないメソッドをselfで叩いているなら論外ですが)
この考えが気に入ればstaticなメソッドを増やせないかを考えて出来るだけselfで統一していっても良いですし、
別に気に入らなければ今まで通り$this->を使っていっても良いかと思います。