GradleのFilterで文字化け

Question

Spring bootでWEBアプリ開発を行っております。

<開発マシン>
jdk:1.8.0.74
マシン:Windows7
IDE:eclipse4.4
ビルドツール：Gradle

上記アプリを開発中、CSSやJavaScriptをキャッシュさせないようにするため、
日付をパラメータとして持たせ、リリースのたびに更新される仕組みを作成しようとしておりました。

それを実現するために、下記ソースをbuild.gradleに追加しました。

war {
	baseName = '***-web'
	def now = new Date().getTime().toString()
	webInf {
		from ("src/main/webapp/WEB-INF") {
			include '**/*.html'
			filter(org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens, tokens: ['TIMESTAMP': now])
		}
	}
}

上記の用に記述した場合、想定通り置換が行われたのですが、
出力されたファイルの文字コードが「SJIS」となってしまい、
文字化けを起こしてしまいました。

文字コードの設定についてはいくつかネット上にも記載があり、

・gradle.propertiesに「org.gradle.jvmargs = -Dfile.encoding=UTF-8」を追加する
・eclipseの設定を見直す

等ありましたが、どれもうまくいきませんでした……。
他になにか注意するべき点について、ご存知の方がおられましたらご教授頂きたく思います。