VSCのプラグイン"SFTP(Natizyskunk)"でEC2サーバーにファイルのみアップロード(更新)したいがエディタで作業しているフォルダごと新規作成されてしまう。

Question

実現したい事

サーバー上には既にプロダクトは上がっている状態です.

VScodeエディタにsftp(Natizyskunk)プラグインを導入しました。

リモートサーバー(AWS:EC2)にlocalから編集したファイルをアップした際に、編集したファイルのみを上書き保存したいです。

問題点

指定した階層に修正ファイルのみ入っている状態で別ディレクトリが新規作成されてしまいます。

例

--/
--var
. --www
.  --pub
.   --dev
.    --htdocs <-指定ディレクトリ
.     --php
.      --oo.php <-編集したいファイル

実際の状態
--/
--var
.   --www
.    --pub
.     --dev
.      --htdocs<-指定ディレクトリ
.       --php
.         --oo.php
.       --dev<-エディタで編集しているフォルダ
.           --php
.              --oo.php <-編集したファイル

分かりにくいですよね汗
簡単にいうとlocalからremoteに編集したファイルをアップした際に、編集したファイルのみを上書き保存したいということです。

sftp.jsonの設定

コード

{
    "name": "larabel",
    "host": "サーバーのホスト",
    "protocol": "sftp",
    "port": 22,
    "username": "username",
    "remotePath": "/var/www/dev.xxxxxx/htdocs",
    "privateKeyPath": "秘密鍵の場所",
    "uploadOnSave": true
}

試したこと

・SFTP: Upload Active File　＝　同様に別途ディレクトリが作成されてしまう。
・自動アップロード（”uploadOnSave”: true）＝　同様
・同期（Sync Remote -> Local）をしてからアップ　＝　同様

感じている可能性

もしもうすでに上がっているディレクトリを編集、更新することが出来ないのであれば既に上がっているディレクトリを一度削除して、同じ階層指定で最初は全体のフォルダをあげてそれ以降は同期処理で更新していけば解決するのかな？

とは考えついていますが、それはなるべくしたくありません。

既にサーバーに上がっているディレクトリを編集・更新していくすべはないでしょうか？