Pandocで｢--citeprocし直接pdfにした｣ときのみ !Missing } inserted

Pandocを使いmarkdownファイルからpdfを作成したいと考えております。

図や参考文献の多い資料ですので、pandoc-crossrefや--citeprocオプション、bibファイルの使用は欠かせません。

これらを使用してpdfを吐くとき、コマンド

pandoc -F pandoc-crossref -s note.md -o note.pdf --pdf-engine=lualatex --citeproc -V documentclass=ltjsarticle -V classoption=twocolumn -N

を用いて直接.mdから.pdfにしようとすると

Error producing PDF.
! Missing } inserted.
<inserted text>
}
l.512 \end{CSLReferences}

となってしまいます。英語ふくめ調べたところ、解決策として

doiの頭にdoi:をつける
\usepackage{url}などを入れたテンプレートtexファイルを用意する

がありましたがうまく行かず、さらには引用タグを除いた.bibの中身をすべて削除した状態でも結果は同じでした。
他に、

texファイルに変換してからpdfにした場合
参考文献まわりはうまくいきますがpandoc-crossrefの図表まわりの組版が壊れてしまいます。また2段組等にはなりません。

docsからpdfにした場合
pandoc-crossref、--citeprocはうまくいっていますが数式が汚い、スタイルが異様にダサいという感じになってしまいます。また2段組等にはなりません。

htmlからpdfにした場合
pandoc-crossref、--citeprocはうまくいっていますが数式が汚い、スタイルが異様にダサいにくわえ、数式がレンダリングできません。また2段組等にはなりません。

.bibを使わない場合
すべてうまくいきますが、(当然)bibが使えません。

と、代替手段もそれぞれ少しずつ問題がでてしまったため、解決策をご教授くださる方を求めて質問させていただきます。

また、(htmlやdocx出力、図周りの出力はうまくいっているため関係ないとは思いつつ)関連した問題点として、毎度

WARNING: pandoc-crossref was compiled with pandoc 2.16.2 but is being run through 2.12. This is not supported. Strange things may (and likely will) happen silently.

と言われるのですが、cabal new-updateしてもUp to date, cabal install pandoc-2.16.2 --overwrite-policy=alwaysしてビルド後にpandoc -vしてもバージョンが変わっていない、という状況で完全に手詰まりとなってしまいました。

何卒お助けいただけませんでしょうか。よろしくお願いいたします。

追記
どうも本文に日本語が含まれない場合、素直に変換してうまくいくようです。