mantaというソフトをDockerを用いて使用したいと考えています(OSはmacOS ver12.0.1です)。
下記サイトの記事を参考にして、eitanbanks/manta-1.0.3というイメージをダウンロードしました。
https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/07/30/110012
docker run --rm -itv /Users/phys/Documents/input_file:/data eitanbanks/manta-1.0.3
/bin/manta/bin/configManta.py
--normalBam /data/HCC1187BL.cram
--tumorBam /data/HCC1187C.cram
--referenceFasta /data/hg19.fa
--runDir /data/output
という操作をしたところ、ここは上手くいったのですが、次の段階でつまづいたので、より新しいバージョンのmantaが組み込まれているイメージを利用しようと考えました。
dceoy/mantaというイメージをダウンロードし、先ほどと同様、
docker run --rm -itv /Users/phys/Documents/input_file:/data dceoy/manta
/bin/manta/bin/configManta.py
--normalBam /data/HCC1187BL.cram
--tumorBam /data/HCC1187C.cram
--referenceFasta /data/hg19.fa
--runDir /data/output
と打ち込むと、
Usage: configManta.py [options]
configManta.py: error: 1 unrecognized argument:
'/bin/configManta.py'
というエラーメッセージが出力されました。
さらに、別のイメージ、kfdrc/mantaを使うと、
docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_linux.go:380: starting container process caused: exec: "/bin/configManta.py": stat /bin/configManta.py: no such file or directory: unknown.
と、dceoy/mantaとはまた異なるエラーメッセージが表示されました。
イメージごとに入力するコマンドが違うのではないかと思ったのですが、それぞれのイメージについて調べても、実行コマンドに関する記述が見つからず、行き詰まっております。
対処法がおわかりになるかたがいらっしゃいましたら、ご教授ください。
よろしくお願いします。
あなたの回答
tips
プレビュー