Q&A
前提・実現したいこと
https://github.com/BaderLab/Tempora
こちらをRstudioServerにインストールしたい。
インストールしたいパッケージのバージョン：Tempora(0.1.0)
発生している問題・エラーメッセージ
上記をインストールするために、
devtools::install_github("BaderLab/Tempora”)
をコンソールで実行 → Update ALLを選択しました。
そうすると下記のエラーが表示されます。
ERROR: dependencies 'GSVA', 'GSEABase', 'bnlearn' are not available for package 'Tempora'
以下は実行結果の抜粋です。
Installing package into '/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1' (as 'lib' is unspecified) ERROR: dependencies 'GSVA', 'GSEABase', 'bnlearn' are not available for package 'Tempora' * removing '/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/Tempora' Warning messages: 1: In i.p(...) : installation of package 'bnlearn' had non-zero exit status 2: In i.p(...) : installation of package '/tmp/RtmpohRtla/file2a72a2ce7f8ff/Tempora_0.1.0.tar.gz' had non-zero exit status
試したこと
GSVA,GSEABase,Bnlearnの個別インストールが必要と思い、それぞれをインストールしようとしてみました。
GSVA,GSEABaseのインストール
インストールしたいパッケージのバージョン：GSEABase(1.54.0),GSVA(1.40.1)
BiocManager::install("GSEABase") BiocManager::install("GSVA”)
それぞれをコンソールで実行 → Update allを選択
それぞれの実行で下記の同様のエラーが発生してしまいました。
ERROR: compilation failed for package 'Seurat'
こちらでどう処理して良いかわからず、詰まってしまいました。
Seuratパッケージはインストール済みで、library("Seurat")で確認済みです。
下記はエラーが出るまでにコンソールに表示される、重要そうな場所の抜粋です。
55 | >::type PacketReturnType; | ^~~~~~~~~~~~~~~~ make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:177: ModularityOptimizer.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package 'Seurat' * removing '/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/Seurat' * restoring previous '/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/Seurat' The downloaded source packages are in '/tmp/RtmpohRtla/downloaded_packages' There were 33 warnings (use warnings() to see them)
Bnlearnのインストール
インストールしたいパッケージのバージョン：bnlearn(4.7)
install.packages("https://www.bnlearn.com/releases/bnlearn_latest.tar.gz", repos = NULL, type = "source”)
を実行すると、下記のエラーが表示されました。
ERROR: compilation failed for package 'bnlearn'
こちらはインストールしようとしているものが、直接失敗となっているので詰まってしまいました。
下記はコンソールに表示される全文です。
Installing package into '/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1' (as 'lib' is unspecified) trying URL 'https://www.bnlearn.com/releases/bnlearn_latest.tar.gz' Content type 'application/x-gtar-compressed' length 1272152 bytes (1.2 MB) ================================================== downloaded 1.2 MB * installing *source* package 'bnlearn' ... ** using staged installation ** libs gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I"/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/Rcpp/include/" -I"/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppEigen/include/" -I"/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppEigen/include/unsupported" -I"/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/BH/include" -I"/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/StanHeaders/include/src/" -I"/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/StanHeaders/include/" -I"/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppParallel/include/" -I"/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/rstan/include" -DEIGEN_NO_DEBUG -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DBOOST_PENDING_INTEGER_LOG2_HPP -DSTAN_THREADS -DBOOST_NO_AUTO_PTR -include '/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp' -D_REENTRANT -DRCPP_PARALLEL_USE_TBB=1 -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c acyclic.c -o acyclic.o In file included from /home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppEigen/include/Eigen/Core:88, from /home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppEigen/include/Eigen/Dense:1, from /home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp:13, from <command-line>: /home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/util/Macros.h:628:1: error: unknown type name 'namespace' 628 | namespace Eigen { | ^~~~~~~~~ /home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/util/Macros.h:628:17: error: expected '=', ',', ';', 'asm' or '__attribute__' before '{' token 628 | namespace Eigen { | ^ In file included from /home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppEigen/include/Eigen/Dense:1, from /home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp:13, from <command-line>: /home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/RcppEigen/include/Eigen/Core:96:10: fatal error: complex: No such file or directory 96 | #include <complex> | ^~~~~~~~~ compilation terminated. make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:168: acyclic.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package 'bnlearn' * removing '/home/rstudio/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/bnlearn' Warning in install.packages : installation of package '/tmp/RtmpVvo1Gb/downloaded_packages/bnlearn_latest.tar.gz' had non-zero exit status
研究が進まず困っております。
何卒ご回答よろしくお願い致します。
補足情報（FW/ツールのバージョンなど）
以下、sessionInfoです
> sessionInfo() R version 4.1.1 (2021-08-10) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Ubuntu 20.04.2 LTS Matrix products: default BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.9.0 LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.9.0 Random number generation: RNG: Mersenne-Twister Normal: Inversion Sample: Rounding locale: [1] C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] SeuratObject_4.0.2 Seurat_4.0.3 loaded via a namespace (and not attached): [1] plyr_1.8.6 igraph_1.2.6 lazyeval_0.2.2 splines_4.1.1 BiocParallel_1.26.1 listenv_0.8.0 [7] scattermore_0.7 usethis_2.0.1 ggplot2_3.3.5 inline_0.3.19 digest_0.6.27 htmltools_0.5.1.1 [13] fansi_0.5.0 magrittr_2.0.1 memoise_2.0.0 tensor_1.5 cluster_2.1.2 ROCR_1.0-11 [19] remotes_2.4.1 globals_0.14.0 RcppParallel_5.1.4 matrixStats_0.60.0 spatstat.sparse_2.0-0 prettyunits_1.1.1 [25] colorspace_2.0-2 ggrepel_0.9.1 xfun_0.25 dplyr_1.0.7 callr_3.7.0 crayon_1.4.1 [31] jsonlite_1.7.2 spatstat.data_2.1-0 survival_3.2-11 zoo_1.8-9 glue_1.4.2 polyclip_1.10-0 [37] gtable_0.3.0 zlibbioc_1.38.0 XVector_0.32.0 leiden_0.3.9 V8_3.4.2 pkgbuild_1.2.0 [43] rstan_2.21.2 future.apply_1.8.1 BiocGenerics_0.38.0 abind_1.4-5 scales_1.1.1 miniUI_0.1.1.1 [49] Rcpp_1.0.7 viridisLite_0.4.0 xtable_1.8-4 reticulate_1.22 spatstat.core_2.3-0 stats4_4.1.1 [55] StanHeaders_2.21.0-7 htmlwidgets_1.5.4 httr_1.4.2 RColorBrewer_1.1-2 ellipsis_0.3.2 ica_1.0-2 [61] pkgconfig_2.0.3 loo_2.4.1 uwot_0.1.10 deldir_0.2-10 utf8_1.2.2 tidyselect_1.1.1 [67] rlang_0.4.11 reshape2_1.4.4 later_1.2.0 munsell_0.5.0 tools_4.1.1 cachem_1.0.5 [73] cli_3.0.1 generics_0.1.0 devtools_2.4.2 ggridges_0.5.3 stringr_1.4.0 fastmap_1.1.0 [79] yaml_2.2.1 goftest_1.2-2 processx_3.5.2 knitr_1.36 fs_1.5.0 fitdistrplus_1.1-6 [85] purrr_0.3.4 RANN_2.6.1 pbapply_1.5-0 future_1.22.1 nlme_3.1-152 mime_0.11 [91] compiler_4.1.1 rstudioapi_0.13 plotly_4.10.0 curl_4.3.2 png_0.1-7 testthat_3.1.0 [97] spatstat.utils_2.2-0 tibble_3.1.3 stringi_1.7.5 ps_1.6.0 desc_1.4.0 lattice_0.20-44 [103] Matrix_1.3-4 vctrs_0.3.8 pillar_1.6.3 lifecycle_1.0.1 BiocManager_1.30.16 spatstat.geom_2.2-2 [109] lmtest_0.9-38 RcppAnnoy_0.0.19 data.table_1.14.0 cowplot_1.1.1 irlba_2.3.3 httpuv_1.6.3 [115] patchwork_1.1.1 R6_2.5.1 promises_1.2.0.1 KernSmooth_2.23-20 gridExtra_2.3 IRanges_2.26.0 [121] parallelly_1.28.1 sessioninfo_1.1.1 codetools_0.2-18 MASS_7.3-54 pkgload_1.2.2 rprojroot_2.0.2 [127] withr_2.4.2 sctransform_0.3.2 S4Vectors_0.30.0 mgcv_1.8-36 parallel_4.1.1 grid_4.1.1 [133] rpart_4.1-15 tidyr_1.1.3 Rtsne_0.15 Biobase_2.52.0 shiny_1.6.0
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