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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

Q&A

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ステップワイズ法によるcross type bcsftのQTL解析

teyakimi

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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2021/09/21 09:56

編集2021/09/22 16:13

学生で初心者です

ステップワイズ法によるQTL解析を行うときに以下のエラー:

No default penalties available for cross type bcsft

が出てしまいます。
cross type bcsftでモデルを構築するにはどうすればよいのでしょうか。
調べてみましたがわかりませんでした。
よろしくお願いいたします。

mapFunc <- "kosambi"
data <- read.cross("csvr", file="H257MBc1F4.csv", estimate.map=T, map.function=mapFunc, BC.gen=1, F.gen=4)

--Read the following data:
114 individuals
23 markers
73 phenotypes
--Estimating genetic map
--Cross type: bcsft

data.sim <- sim.geno(data,step=5, n.draws=128, map.function=mapFunc)
gr.sw <- stepwiseqtl(data.sim,pheno.col="gr", max.qtl=2)

stepwiseqtl(data.sim, pheno.col = "gr", max.qtl = 2) でエラー:
No default penalties available for cross type bcsft

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