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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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ggsurvplotを使って生存分析をしていますが、カプランマイヤー曲線までは引けるのですがログランク検定やリスクテーブルがエラーになってしまいます。

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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2021/08/25 01:40

ggsurvplotを使って生存分析をしています。カプランマイヤー曲線までは引けるのですが、ログランク検定やリスクテーブルを入れようとすると、途端にエラーメッセージがでてしまい、それに対応できません。原因について何かわかることがあればご教示願います。

ggsurvplot(KM, data = DT, censor.shape = "|", censor.size =2,

  • size =1,
  • palette = c("#e7B800","#2E9FDF"),
  • conf.int = TRUE)

ではうまくいくのですが、

ggsurvplot(KM, data = DT, censor.shape = "|", censor.size =2,

  • size =1,
  • palette = c("#e7B800","#2E9FDF"),
  • conf.int = TRUE,
  • pval = TRUE,
  • risk.table = TRUE,
  • risk.table.col = "strata")

bl_make_text_box(token, drawing_context$gp, drawing_context$yoff_pt) でエラー:
関数 'Rcpp_precious_remove' はパッケージ 'Rcpp' では提供されていません

となり、エラーに対処できません。
パッケージはtydyverse, survival, survminerが入っています。

KM <- survfit(Surv(`Survival months2`, Status) ~ Pref, data = DT) ggsurvplot(KM, data = DT) ggsurvplot(KM, data = DT, censor.shape = "|", censor.size =2) ggsurvplot(KM, data = DT, censor.shape = "|", censor.size =2, size =1, palette = c("#e7B800","#2E9FDF"), conf.int = TRUE) #pvalやrisk.tableいれようとするとエラー ggsurvplot(KM, data = DT, censor.shape = "|", censor.size =2, size =1, palette = c("#e7B800","#2E9FDF"), conf.int = TRUE, pval = TRUE, risk.table = TRUE, risk.table.col = "strata", legend.labs = c ("Restrictive","Liberal"), risk.tabke.height = 0.25, ggtheme = theme_bw() )

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