Xcode のプロジェクトナビゲータ内で [D}の表示が消えない

Question

解決したいこと

Xcodeで左側にプロジェクトナビゲータを表示すると，ソースコード変更管理をしている場合に，「M」「A」などの記号が表示されますが，あるときから一部のファイルに「D」と表示されるようになりました。コードをコミットしても，また，どのように操作してもこの表示が消えません。どのように操作をすると消えるのかご存じの方ご教示いただけますでしょうか。
なお，「View」「Show code review」　で表示されるlocal revision　ペインには，File was deleted と表示されています。

###試したこと
一度プロジェクトを削除して，改めて新規にプロジェクトを構築しても，最初からこの表示になっています。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

参考としたweb
https://stackoverflow.com/questions/7267390/xcode-letters-beside-files-in-project-navigator

Answer 1

Dの意味はファイルの削除ということのようであり，その詳細は判明しませんでしたが，問題のファイルを更新したところ，D の表示は消えました。