Q&A
こんにちは。私も同じエラーが出ました。githubに解決策が出ていました。
https://github.com/agordon/fastx_toolkit/issues/20
fast_toolkit-0.0.14フォルダの中に、src/libfastx/fastx.hファイルがあります。このfastx.hファイルを、Xcodeなどで開けて、githubに書いてある通り、２箇所書き換えるとmakeもsudo make installも最後まで走ると思います。
前提・実現したいこと
https://bioinfo-dojo.net/2017/05/10/fastx-toolkit_install/
こちらの記事に従って，FASTX-Toolkitを使えるようにしたいのですが，makeコマンドでエラーが吐いてしまいます．
発生している問題・エラーメッセージ
$ make /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/make all-recursive Making all in m4 make[2]: Nothing to be done for `all'. Making all in src Making all in libfastx gcc -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../.. -g -O2 -Wall -Wextra -Wformat-nonliteral -Wformat-security -Wswitch-default -Wswitch-enum -Wunused-parameter -Wfloat-equal -Werror -DDEBUG -g -O1 -MT fastx.o -MD -MP -MF .deps/fastx.Tpo -c -o fastx.o fastx.c fastx.c:29:10: error: the current #pragma pack alignment value is modified in the included file [-Werror,-Wpragma-pack] #include "fastx.h" ^ ./fastx.h:61:9: note: previous '#pragma pack' directive that modifies alignment is here #pragma pack(1) ^ 1 error generated. make[3]: *** [fastx.o] Error 1 make[2]: *** [all-recursive] Error 1 make[1]: *** [all-recursive] Error 1 make: *** [all] Error 2
試したこと
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html
こちらから，fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2 をダウンロードしました
https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q11210907201
こちらと同じ現象の方がいまして，
・コメントアウト → どのファイルか分からない
・stableなソースをダウンロード → fastx_toolkit-0.0.13.tar.bz2 で./configureコマンドをした場合下記のエラー
configure: error: Your version of gcc does not support the 'std::tr1' standard. Recommended gcc version is 4.1.2 or later. Please use a newer gcc version, or try to download the pre-compiled binaries from the fastx-toolkit website.
・brewでinstall → brew install fastx_toolkit では見つからない
あなたの回答
tips
プレビュー
