WordPress で＜?php wp_head(); ?＞＜?php wp_footer(); ?＞を記述するとBootstrapが適用されない

Question

前提・実現したいこと

Web制作会社が制作したWordpressのテンプレート知人の依頼によりカスタマイズしています。
＜?php wp_head(); ?＞＜?php wp_footer(); ?＞を記述し、プラグインとBootstrapを正常に動作させたい。

発生している問題・エラーメッセージ

＜?php wp_head(); ?＞＜?php wp_footer(); ?＞を記述し、プラグインを有効にするとBootstrapが動かなくなる。
一方で＜?php wp_head(); ?＞＜?php wp_footer(); ?＞の記述を消すと逆の動作になる(現在の設定は後者)

該当のソースコード

Bootstrapがどこで読み込んでいるのかわからないです
テンプレート自体もincludeでトップページをのみを別の既存テーマ外のphpで読み込むようにしてあります。

試したこと

ここに問題に対して試したことを記載してください。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ここにより詳細な情報を記載してください。