別ページからのアンカーリンク時、ヘッダーが上に埋まってしまいます。

index.html内のアンカーリンクはスムーズにスクロールしますが、
他のページからindex.html内のアンカーリンクに飛ぼうとしたら、
何故かヘッダーが上に隠れてしまいます。
色々つけ外ししたり、他サイト様を参考にしましたが全然分かりません。
詳しい方、教えて頂けないでしょうか。

<a href="http://sample.com/index.html#aaa"> index.html内は大丈夫 <a href="http://sample.com/bbb.html"> からhttp://sample.com/index.html#aaaに飛ぶと埋まる

ちなみにindex.html自体に飛んでも埋まりません。
あくまでアンカーリンクが付いた時のみのようです。
埋まった時にheader全体にpadding-topで適当に数値を打ってみるとヘッダーが出ます。

色々jsを入れてるのが原因なのでしょうか。

使っているもの

    var scrollpos;
    $('#menu_active, #menu_nav').on('click', function(){
      $('body').toggleClass('open');
      if(state == false) {
        scrollpos = $(window).scrollTop();
        $('body').addClass('fixed').css({'top': -scrollpos});
        state = true;
      } else {
        $('body').removeClass('fixed').css({'top': 0});
        window.scrollTo( 0 , scrollpos );
        state = false;
      }
    });
new function(){
    var attr ="data-tor-smoothScroll";
    var attrPatt = /noSmooth/;
    var d = document;
    function addEvent(elm,listener,fn){
        try{ // IE
            elm.addEventListener(listener,fn,false);
        }catch(e){
            elm.attachEvent(
                "on"+listener
                ,function(){
                    fn.apply(elm,arguments)
                }
            );
        }
    }
    addEvent(window,"load",function(){
        var anchors = d.getElementsByTagName("a");
        for(var i = 0 ,len=anchors.length; i<len ; i++){
            if(!attrPatt.test(anchors[i].getAttribute(attr)) && 
                anchors[i].href.replace(/\#[a-zA-Z0-9_]+/,"") == location.href.replace(/\#[a-zA-Z0-9_]+/,"")){
                anchors[i].rel = anchors[i].href;
                //anchors[i].href = "javascript:void(0)";
                anchors[i].onclick=function(){SmoothScroll(this)}
            }
        }
    });
}

  $(document).on('click', 'a[href*="#"]', function() {
    let time = 400;
    let target = $(this.hash);
    if (!target.length) return;
    let targetY = target.offset().top - $('#sp-menu').height();
    $('html,body').animate({scrollTop: targetY}, time, 'swing');
    return false;
});



var navPos = jQuery( '#sp-menu' ).offset().top; // グローバルメニューの位置
var navHeight = jQuery( '#sp-menu' ).outerHeight(); // グローバルメニューの高さ
jQuery( window ).on( 'scroll', function() {
  if ( jQuery( this ).scrollTop() > navPos ) {
    jQuery( 'body' ).css( 'padding-top', navHeight );
    jQuery( '#sp-menu' ).addClass( 's_fixed' );
  } else {
    jQuery( 'body' ).css( 'padding-top', 0 );
    jQuery( '#sp-menu' ).removeClass( 's_fixed' );
  }
});