railsのbin/railsコマンドについて

Question

railsについて質問です。
ruby on rails5速習実践ガイドを使ってruby on railsを勉強している者です。
そこでbin/rails db:createというコマンドでデータベースを作成しようと思ったのですが、実行してみると

Traceback (most recent call last):
ruby: Operation not permitted -- bin/rails (LoadError)

というエラーが表示されました。
そこで2点お聞きしたいです。
1.bin/railsコマンドとrailsコマンドの違い
rails db:createとの違いを調べてみると、gemfileに記述してあるgemが使用できる状態でコマンドを実行できると書いてありますが、つまりターミナル上で実行できるコマンドがあるようなgemをインストールした場合などにそのコマンドはbin/railsから実行する必要があるということでしょうか？

2.エラーの原因
これまではターミナルでアプリケーションのルートディレクトリでcode . を実行するとVScodeで開くことができたのですが、今回はそれもできません。何か関係がありそうですがわかりません。わかる方がいらっしゃったら回答よろしくお願いします。