EC2のnginxへLet’s Encryptで証明書設置後にドキュメントルートがnginxデフォルトに戻ってしまう

AWS EC2内にamazon-linux-extrasパッケージを使用してnginxをインストールし、
ドキュメントルートを/var/www/html/publicとしてHTTPアクセス出来る状態にしていました。

そこへ表題の通りLet’s Encryptを使用してSSL化するため、certbotをインストールして証明書発行成功し、
HTTPSでのアクセスが出来るようにはなったのですが、何らかの理由でドキュメントルートが変わってしまったのか、
nginxデフォルトのwelcomeページ（/usr/share/nginx/html/index.html）が表示されてしまい、
/etc/nginx/nginx.confを確認しましたが、どこが影響しているのか解らず途方に暮れてしまいました。。

ドキュメントルートを/var/www/html/publicへ戻す手段を、どなたか御教示頂ければ非常に助かります。
すみませんが、何卒宜しくお願い致します。

下記はcertbotによって追記された後の/etc/nginx/nginx.confになります。
※実際のドメイン名は[Domain]と置き換えております。

# For more information on configuration, see:
#   * Official English Documentation: http://nginx.org/en/docs/
#   * Official Russian Documentation: http://nginx.org/ru/docs/

user nginx;
worker_processes auto;
error_log /var/log/nginx/error.log;
pid /run/nginx.pid;

# Load dynamic modules. See /usr/share/doc/nginx/README.dynamic.
include /usr/share/nginx/modules/*.conf;

events {
    worker_connections 1024;
}

http {
    log_format  main  '$remote_addr - $remote_user [$time_local] "$request" '
                      '$status $body_bytes_sent "$http_referer" '
                      '"$http_user_agent" "$http_x_forwarded_for"';

    access_log  /var/log/nginx/access.log  main;

    sendfile            on;
    tcp_nopush          on;
    tcp_nodelay         on;
    keepalive_timeout   65;
    types_hash_max_size 4096;

    include             /etc/nginx/mime.types;
    default_type        application/octet-stream;

    # Load modular configuration files from the /etc/nginx/conf.d directory.
    # See http://nginx.org/en/docs/ngx_core_module.html#include
    # for more information.
    include /etc/nginx/conf.d/*.conf;

    server {
        server_name [Domain]
        root /var/www/html/public;
        index index.php index.html index.htm;

        location / {
            try_files $uri $uri/ /index.php?$query_string;
        }

        # Load configuration files for the default server block.
        include /etc/nginx/default.d/*.conf;

        listen 443 ssl; # managed by Certbot
        listen [::]:443 ssl ipv6only=on; # managed by Certbot
        ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/[Domain]/fullchain.pem; # managed by Certbot
        ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/[Domain]/privkey.pem; # managed by Certbot
        include /etc/letsencrypt/options-ssl-nginx.conf; # managed by Certbot
        ssl_dhparam /etc/letsencrypt/ssl-dhparams.pem; # managed by Certbot


    }

    server {
        # For Certbot Challenge
        location ^~ /.well-known/acme-challenge/ {
            root /usr/share/nginx/html;
        }

        if ($host = [Domain]) {
            return 301 https://$host$request_uri;
        } # managed by Certbot

        listen       80;
        listen       [::]:80;
        server_name [Domain]
        root /var/www/ecs/public;
        return 404; # managed by Certbot
    }
}