All in One SEOがショートコードを無視する現象

前提・実現したいこと

All in One SEOが有効時にショートコードが反映されないのを解消したい。

発生している問題・エラーメッセージ

All in One SEOを有効にすると、固定ページのショートコードが無視されてしまいます。

固定ページにショートコードでphpをインクルードするように1行だけ表記してます。
function.phpにはショートコードの設定もしてあり、
All in One SEO が無効だと表示されますが、
有効にすると表示されなくなります。
All in One SEOはデフォルトの設定のままです。

環境：
wordpress5.6
プラグイン All in One SEO 4.0.12


### 該当のソースコード
固定ページ
...
[Include_webroot file='/inquiry/input.php']
...

function.php(ショートコード設定)
...
function IncludePass_webroot( $params = array() ) {
  extract( shortcode_atts( array(
    'file' => 'default'
  ), $params ) );
  ob_start();
  require_once( $_SERVER[ 'DOCUMENT_ROOT' ] . "/$file" );
  return ob_get_clean();
}
add_shortcode( 'Include_webroot', 'IncludePass_webroot' );
...

### 試したこと
固定ページを
...
<br>[Include_webroot file='/inquiry/input.php']<br>
...
と入力した場合、<br><br>と出力されてます。
なので、
All in One SEOを有効にするとショートコード部分がスルーされるような動きです。