【htaccess】下位ディレクトリで追加の指定をすると上位ディレクトリでの指定が無視される

前提・実現したいこと

.htaccessでリダイレクトを行いたいです。したいこととしては/www/.htaccessを用いて、/www以下のすべてでhttpでのアクセスをhttpsにリダイレクトやwww.example.comへのアクセスをexample.comにリダイレクト、example.com/index.htmlへのアクセスをexample.com/にリダイレクト等の同じ指定をしたいです。
加えて、/www/dir以下のディレクトリでは/www/dir/.htaccessを用いて、example.com/dir/?page=1へのアクセスをexample.com/dir/page/1/にリダイレクトのような個別の指定をしたいです。ライブラリなどの関係で、/www/dir/での指定を/www/.htaccessに置くことはできません。

発生している問題

下位ディレクトリで、上位ディレクトリでの指定と重複しない別の指定を行うと、上位ディレクトリの指定がすべて無視されます。

該当のソースコード

どこが原因か切り詰めるために指定を削っていったところ、下位ディレクトリでRewriteEngine Onを指定するだけで、上位ディレクトリでの指定は無視されます。

/www/.htaccess

Apache
1RewriteEngine On
2RewriteCond %{THE_REQUEST} ^.*/index.html
3RewriteRule ^(.*)index.html$ https://%{HTTP_HOST}/$1 [R=301]
4DirectoryIndex index.html index.php
5Options -Indexes

/www/dir/.htaccess

Apache
1RewriteEngine On

試したこと・調べたこと

インターネットでhtaccess リダイレクトに できないや下位などをつけて検索し、出てきたウェブサイトにある解決方法をいくつか試しました。
LやRといったフラグをいろいろ変えて試しました。
指定する順番が関係あると複数のサイトにあったため、下位での指定と上位での指定を合わせ、下位での指定を上部に持ってきてhtaccess Testerで試しましたが、1つ目の一致条件の後リダイレクトするところまでの予想通りの動作のみ確認できました。それ以降の条件は無視されそのままリダイレクトされたため確認ができませんでした。

杉浦とホームページ製作～ＵＲＬを書き換えろ！「.htaccessに書く場合の注意」(http://www.nurs.or.jp/)というサイトでは私が求めているような動作はできず、各ディレクトリの.htaccessで同じ指定を繰り返さなければならないとありました。