.htaccessでのリダイレクトについて

Question

NetCommons3 をhttps://MyDomain/ のルート直下にインストールしました。
NetCommonsは動いたのですが、副作用が生じました。

https://MyDomain/MyApp/ フォルダに自作のWebアプリを配置しているのですが、NetCommons3が配置した.htaccessが原因で、リダイレクトされてしまって、アクセス出来なくなりました。

<IfModule mod_rewrite.c>
   RewriteEngine on
   RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
   RewriteRule    (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>

多分、https://MyDomain/MyApp/にアクセスしようとすると、https://MyDomain/app/webroot/MyApp　にリダイレクトされてしまうのだと思います。

https://MyDomain/ にアクセスしたときは、NetCommons3にリダイレクトして、
https://MyDomain/MyApp/　にアクセスしたときは、リダイレクトしないように.htaccessを設定することはできないのでしょうか?

<IfModule mod_rewrite.c>
   RewriteEngine on
   RewriteCond %{REQUEST_URI} !(^/MyApp/)   [L]
 　RewriteRule    ^$ app/webroot/    [L]
   RewriteRule    (.*) app/webroot/$1 [L]
</IfModule>

としてもダメでした。